ชาวกรีกยึดครองหมู่เกาะเพโลพอนนีสจนถึงปี ค.ศ. 1460 และชาวเวนิสและ เจโนส ก็ยึดเกาะบางแห่ง แต่เมื่อถึงต้นศตวรรษที่ 16 กรีซบนแผ่นดินใหญ่ทั้งหมดและหมู่เกาะอีเจียนส่วนใหญ่ก็ตกเป็นอาณานิคมของ จักรวรรดิออตโตมัน ไม่รวมเมืองท่าหลายแห่งที่ยังคงอยู่ จัดขึ้นโดยชาวเวนิส (Nafplio, Monemvasia, Parga และ Methone ที่สำคัญที่สุดของพวกเขา)หมู่เกาะคิคลาดีสที่อยู่กลางทะเลอีเจียนถูกผนวกอย่างเป็นทางการโดยพวกออตโตมานในปี ค.ศ. 1579 แม้ว่าหมู่เกาะเหล่านี้จะอยู่ภายใต้สถานะข้าราชบริพารตั้งแต่ช่วงทศวรรษที่ 1530 ก็ตามไซปรัสล่มสลายในปี ค.ศ. 1571 และชาวเวนิสยังคงยึดเกาะครีตไว้ได้จนถึงปี ค.ศ. 1669 หมู่เกาะโยนกไม่เคยถูกปกครองโดยออตโตมาน ยกเว้นเคฟาโลเนีย (ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1479 ถึง 1481 และจากปี 1485 ถึง 1500) และยังคงอยู่ภายใต้การปกครองของ สาธารณรัฐเวนิส .อยู่ในหมู่เกาะไอโอเนียนซึ่งเป็นที่ซึ่งรัฐกรีกสมัยใหม่ถือกำเนิดขึ้น พร้อมกับการสถาปนาสาธารณรัฐหมู่เกาะทั้งเจ็ดในปี ค.ศ. 1800ออตโตมันกรีซเป็นสังคมหลายเชื้อชาติอย่างไรก็ตาม แนวคิดตะวันตกสมัยใหม่เกี่ยวกับพหุวัฒนธรรม แม้ว่าดูเผินๆ ดูเหมือนจะสอดคล้องกับระบบข้าวฟ่าง แต่ก็ถือว่าไม่เข้ากันกับระบบออตโตมันชาวกรีกด้วยมือเดียวได้รับสิทธิพิเศษและเสรีภาพบางประการส่วนอีกรายหนึ่งพวกเขาต้องเผชิญกับเผด็จการอันเกิดจากการทุจริตต่อหน้าที่ของบุคลากรฝ่ายบริหารซึ่งรัฐบาลกลางควบคุมได้เพียงระยะไกลและไม่สมบูรณ์เท่านั้นเมื่อออตโตมานมาถึง มีการอพยพของชาวกรีกสองครั้งการอพยพครั้งแรกเกี่ยวข้องกับกลุ่มปัญญาชนชาวกรีกที่อพยพไปยังยุโรปตะวันตกและมีอิทธิพลต่อการมาถึงของยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาการอพยพครั้งที่สองส่งผลให้ชาวกรีกต้องออกจากที่ราบคาบสมุทรกรีกและไปตั้งถิ่นฐานใหม่บนภูเขาระบบลูกเดือยมีส่วนทำให้เกิดความสามัคคีทางชาติพันธุ์ของชาวกรีกออร์โธดอกซ์โดยการแบ่งแยกชนชาติต่างๆ ภายในจักรวรรดิออตโตมันตามศาสนาชาวกรีกที่อาศัยอยู่ในที่ราบระหว่างการปกครองของออตโตมันอาจเป็นชาวคริสเตียนที่ต้องรับมือกับภาระของการปกครองจากต่างประเทศหรือชาวคริสเตียนที่เป็นความลับ (ชาวกรีกมุสลิมที่เป็นผู้ปฏิบัติลับของศรัทธาของกรีกออร์โธดอกซ์)ชาวกรีกบางคนกลายเป็นคริสเตียนที่เข้ารหัสลับเพื่อหลีกเลี่ยงภาษีจำนวนมากและในขณะเดียวกันก็แสดงตัวตนของพวกเขาโดยรักษาความสัมพันธ์กับคริสตจักรออร์โธดอกซ์กรีกอย่างไรก็ตาม ชาวกรีกที่เปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลามและไม่ใช่คริสเตียนที่เข้ารหัสลับจะถือว่าเป็น "ชาวเติร์ก" (มุสลิม) ในสายตาของชาวกรีกออร์โธดอกซ์ แม้ว่าพวกเขาจะไม่ได้ใช้ภาษาตุรกีก็ตามพวกออตโตมานปกครองกรีซส่วนใหญ่จนถึงต้นศตวรรษที่ 19รัฐกรีกที่ปกครองตนเองเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ยุคกลาง ก่อตั้งขึ้นในช่วงสงครามปฏิวัติฝรั่งเศสในปี ค.ศ. 1800 หรือ 21 ปีก่อน การปฏิวัติกรีก ในแผ่นดินใหญ่กรีซเป็นสาธารณรัฐเซตินซูลาร์ซึ่งมีคอร์ฟูเป็นเมืองหลวง