การปกครอง ของสยาม และ เวียดนามทวี ความรุนแรงมากขึ้นในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 17 และ 18 ส่งผลให้มีการแทนที่ตำแหน่งอำนาจบ่อยครั้ง เนื่องจากพระราชอำนาจของกษัตริย์เขมรลดน้อยลงจนเหลือสถานะเป็นข้าราชบริพารสยามซึ่งอาจถูกมองว่าเป็นพันธมิตรต่อต้านการรุกรานของเวียดนามในศตวรรษที่ 18 เองก็มีส่วนเกี่ยวข้องกับความขัดแย้งที่ยืดเยื้อกับ พม่า และในปี พ.ศ. 2310 กรุงศรีอยุธยา เมืองหลวงของสยามก็ถูกทำลายอย่างสิ้นเชิงอย่างไรก็ตาม สยามฟื้นคืนอำนาจและยืนยันอำนาจเหนือกัมพูชาอีกครั้งในไม่ช้ากษัตริย์เขมรอังเอ็งผู้เยาว์ (พ.ศ. 2322-2339) ได้รับการสถาปนาเป็นกษัตริย์ที่อูดอง ในขณะที่สยามผนวกจังหวัดพระตะบองและเสียมราฐของกัมพูชาผู้ปกครองท้องถิ่นกลายเป็นข้าราชบริพารภายใต้การปกครองโดยตรงของสยาม^[72]สยามและเวียดนามมีทัศนคติที่แตกต่างกันโดยพื้นฐานเกี่ยวกับความสัมพันธ์กับกัมพูชาชาวสยามมีศาสนา ตำนาน วรรณกรรม และวัฒนธรรมร่วมกันกับชาวเขมร โดยได้นำแนวปฏิบัติทางศาสนาและวัฒนธรรมมาใช้มากมาย^[73] กษัตริย์จักรีของไทยดำเนินตามระบบจักระวาทินซึ่งเป็นผู้ปกครองสากลในอุดมคติ ปกครองเหนือปวงประชาทั้งหมดอย่างมีจริยธรรมและมีเมตตาชาวเวียดนามออกภารกิจเพื่ออารยธรรม โดยมองว่าชาวเขมรมีวัฒนธรรมด้อยกว่า และถือว่าดินแดนเขมรเป็นสถานที่ที่ถูกต้องตามกฎหมายในการตั้งอาณานิคมโดยผู้ตั้งถิ่นฐานจากเวียดนาม^[74]การต่อสู้ครั้งใหม่ระหว่างสยามและเวียดนามเพื่อควบคุมกัมพูชาและลุ่มน้ำโขงในช่วงต้นศตวรรษที่ 19 ส่งผลให้เวียดนามมีอำนาจเหนือกษัตริย์ข้าราชบริพารของกัมพูชาความพยายามที่จะบังคับให้ชาวกัมพูชารับเอาศุลกากรของเวียดนามทำให้เกิดการกบฏต่อการปกครองของเวียดนามหลายครั้งสิ่งที่น่าสังเกตมากที่สุดเกิดขึ้นระหว่างปี พ.ศ. 2383 ถึง พ.ศ. 2384 โดยแพร่กระจายไปทั่วประเทศอาณาเขตสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขงกลายเป็นข้อพิพาทดินแดนระหว่างกัมพูชาและเวียดนามกัมพูชาค่อยๆ สูญเสียการควบคุมสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขง