În 1988, democrația a fost restabilită în Pakistan cu alegeri generale după moartea președintelui Zia-ul-Haq.Aceste alegeri au condus la revenirea Partidului Popular Pakistan (PPP) la putere, Benazir Bhutto devenind prima femeie prim-ministru a Pakistanului și prima femeie șef de guvern dintr-o țară cu majoritate musulmană.Această perioadă, care a durat până în 1999, a fost caracterizată de un sistem competitiv de două partide, cu conservatorii de centru-dreapta conduși de Nawaz Sharif și socialiștii de centru-stânga sub Benazir Bhutto.În timpul mandatului său, Bhutto a condus Pakistanul prin etapele finale ale Războiului Rece , menținând politici pro-occidentale din cauza neîncrederii comune în comunism.Guvernul ei a asistat la retragerea trupelor sovietice din Afganistan .Cu toate acestea, descoperirea proiectului bombei atomice din Pakistan a dus la încordarea relațiilor cu Statele Unite și la impunerea de sancțiuni economice.Guvernul lui Bhutto s-a confruntat și cu provocări în Afganistan, o intervenție militară eșuată a dus la demiterea directorilor serviciilor de informații.În ciuda eforturilor de revitalizare a economiei, inclusiv al celui de-al șaptelea plan cincinal, Pakistanul a cunoscut o stagflație, iar guvernul lui Bhutto a fost în cele din urmă demis de președintele conservator Ghulam Ishaq Khan.