Grecii au rezistat în Peloponez până în 1460, iar venețienii și genovezii s-au agățat de unele insule, dar până la începutul secolului al XVI-lea toată Grecia continentală și majoritatea insulelor din Marea Egee au fost colonizate de Imperiul Otoman , excluzând încă câteva orașe portuare. deținute de venețieni (Nafplio, Monemvasia, Parga și Methone cele mai importante dintre ei).Insulele Ciclade, aflate în mijlocul Mării Egee, au fost anexate oficial de otomani în 1579, deși erau sub statut de vasal încă din anii 1530.Cipru a căzut în 1571, iar venețienii au păstrat Creta până în 1669. Insulele Ionice nu au fost niciodată conduse de otomani, cu excepția Kefaloniei (din 1479 până în 1481 și din 1485 până în 1500) și au rămas sub stăpânirea Republicii Veneția. .În Insulele Ionice s-a născut statulitatea greacă modernă, odată cu crearea Republicii Cele Șapte Insule în 1800.Grecia otomană era o societate multietnică.Cu toate acestea, noțiunea occidentală modernă de multiculturalism, deși la prima vedere pare să corespundă sistemului meiului, este considerată a fi incompatibilă cu sistemul otoman.Grecilor, cu o mână, li s-au dat niște privilegii și libertate;cu cealaltă au fost expuși unei tiranie care decurgea din malpraxisurile personalului său administrativ asupra căreia guvernul central nu avea decât control la distanță și incomplet.Când au sosit otomanii, au avut loc două migrații grecești.Prima migrație a presupus migrarea intelectualității grecești în Europa de Vest și influențarea apariției Renașterii.A doua migrație a presupus grecii să părăsească câmpiile din peninsula greacă și să se reinstaleze în munți.Sistemul meiului a contribuit la coeziunea etnică a grecilor ortodocși prin segregarea diferitelor popoare din cadrul Imperiului Otoman pe baza religiei.Grecii care trăiau în câmpie în timpul stăpânirii otomane erau fie creștini care se ocupau de poverile stăpânirii străine, fie cripto-creștini (musulmani greci care erau practicanți secreti ai credinței greco-ortodoxe).Unii greci au devenit cripto-creștini pentru a evita taxele grele și, în același timp, pentru a-și exprima identitatea, menținându-și legăturile cu Biserica Ortodoxă Greacă.Cu toate acestea, grecii care s-au convertit la islam și nu au fost cripto-creștini au fost considerați „turci” (musulmani) în ochii grecilor ortodocși, chiar dacă aceștia nu au adoptat limba turcă.Otomanii au condus cea mai mare parte a Greciei până la începutul secolului al XIX-lea.Primul stat elen autoguvernat, încă din Evul Mediu, a fost înființat în timpul războaielor revoluționare franceze, în 1800, cu 21 de ani înainte de izbucnirea revoluției grecești în Grecia continentală.Era Republica Septinsulară cu capitala Corfu.