Expediția franceză în Egipt , aparent pentru a sprijini Poarta otomană și a suprimamamelucii , a fost condusă de Napoleon Bonaparte.Declarația lui Bonaparte din Alexandria a subliniat egalitatea, meritul și respectul pentru islam, în contrast cu presupusa lipsă a acestor calități a mamelucilor.El a promis acces deschis tuturor egiptenilor pentru posturi administrative și a sugerat răsturnarea autorității papale pentru a demonstra aderarea Franței la islam.^[102]Cu toate acestea, egiptenii erau sceptici cu privire la intențiile franceze.După victoria franceză de la Bătălia de la Embabeh (Bătălia Piramidelor), unde forțele lui Murad Bey și Ibrahim Bey au fost înfrânte, la Cairo s-a format un consiliu municipal, incluzând șeici, mameluci și membri francezi, servind în principal la aplicarea decretelor franceze.^[102]Invincibilitatea franceză a fost pusă la îndoială după înfrângerea flotei lor în bătălia de la Nil și eșecul din Egiptul de Sus.Tensiunile au escaladat odată cu introducerea unui impozit pe locuință, ducând la o insurecție în Cairo în octombrie 1798. Generalul francez Dupuy a fost ucis, dar Bonaparte și generalul Kléber au suprimat rapid revolta.Folosirea franceză a Moscheei Al-Azhar ca grajd a provocat o ofensă profundă.^[102]Expediția siriană a lui Bonaparte din 1799 a slăbit temporar controlul francez în Egipt.La întoarcere, a învins un atac comun al lui Murad Bey și Ibrahim Bey, iar mai târziu a zdrobit o armată turcească la Aboukir.Bonaparte a părăsit apoi Egiptul, numindu-l pe Kléber drept succesor al său.^[102] Kléber s-a confruntat cu o situație precară.După ce acordurile inițiale pentru evacuarea Franței au fost blocate de britanici, Cairo a experimentat revolte, pe care Kléber le-a suprimat.A negociat cu Murad Bey, acordându-i controlul asupra Egiptului de Sus, dar Kléber a fost asasinat în iunie 1800. ^[102]Generalul Jacques-Francois Menou i-a succedat lui Kléber, încercând să câștige favoarea musulmanilor, dar înstrăinând egiptenii prin declararea unui protectorat francez.În 1801, forțele engleze și turcești au debarcat la Abu Qir, ducând la înfrângerile franceze.Generalul Belliard a predat Cairoul în mai, iar Menou a capitulat în Alexandria în august, punând capăt ocupației franceze.^[102] Moștenirea de durată a ocupației franceze a fost „Description de l’Egypte”, un studiu detaliat al Egiptului de către savanți francezi, care a contribuit în mod semnificativ la domeniul egiptologiei.^[102]