A guerra civil entre as dinastias Lê-Trịnh e Mạc terminou em 1592, quando o exército de Trịnh Tùng conquistou Hanói e executou o rei Mạc Mậu Hợp.Os sobreviventes da família real Mạc fugiram para as montanhas do norte, na província de Cao Bằng, e continuaram a governar lá até 1677, quando Trịnh Tạc conquistou este último território Mạc.Os monarcas Lê, desde a restauração de Nguyễn Kim, atuaram apenas como figuras de proa.Após a queda da dinastia Mạc, todo o poder real no norte pertencia aos senhores Trịnh.Enquanto isso, a corte Ming decidiu relutantemente por uma intervenção militar na guerra civil vietnamita, mas Mạc Đăng Dung ofereceu submissão ritual ao Império Ming , o que foi aceito.No ano de 1600, Nguyễn Hoàng também se declarou Senhor (oficialmente "Vương") e se recusou a enviar mais dinheiro ou soldados para ajudar Trịnh.Ele também mudou sua capital para Phú Xuân, atual Huế.Trịnh Tráng sucedeu Trịnh Tùng, seu pai, após sua morte em 1623. Tráng ordenou que Nguyễn Phúc Nguyên se submetesse à sua autoridade.A ordem foi recusada duas vezes.Em 1627, Trịnh Tráng enviou 150.000 soldados para o sul em uma campanha militar malsucedida.Os Trịnh eram muito mais fortes, com maior população, economia e exército, mas não conseguiram derrotar os Nguyễn, que construíram duas muralhas defensivas de pedra e investiram na artilharia portuguesa.A Guerra Trịnh-Nguyễn durou de 1627 a 1672. O exército Trịnh realizou pelo menos sete ofensivas, todas as quais não conseguiram capturar Phú Xuân.Por um tempo, a partir de 1651, os próprios Nguyễn partiram para a ofensiva e atacaram partes do território de Trịnh.No entanto, os Trịnh, sob um novo líder, Trịnh Tạc, forçaram os Nguyễn a recuar em 1655. Após uma última ofensiva em 1672, Trịnh Tạc concordou com uma trégua com o Senhor Nguyễn Nguyễn Phúc Tần.O país foi efetivamente dividido em dois.A Guerra Trịnh-Nguyễn deu aos comerciantes europeus a oportunidade de apoiar cada lado com armas e tecnologia: os portugueses ajudaram os Nguyễn no Sul, enquanto os holandeses ajudaram os Trịnh no Norte.Os Trịnh e os Nguyễn mantiveram uma relativa paz durante os cem anos seguintes, durante os quais ambos os lados realizaram conquistas significativas.O Trịnh criou escritórios governamentais centralizados encarregados do orçamento do estado e da produção de moeda, unificou as unidades de peso em um sistema decimal, estabeleceu gráficas para reduzir a necessidade de importar materiais impressos da China, abriu uma academia militar e compilou livros de história.Enquanto isso, os senhores Nguyễn continuaram a expansão para o sul com a conquista das terras Cham restantes.Os colonos Việt também chegaram à área escassamente povoada conhecida como "Água Chenla", que era a parte inferior do Delta do Mekong do antigo Império Khmer .Entre meados do século 17 e meados do século 18, quando o antigo Império Khmer foi enfraquecido por conflitos internos e invasões siamesas , os Senhores Nguyễn usaram vários meios, casamento político, pressão diplomática, favores políticos e militares, para ganhar a área ao redor do atual -dia Saigon e Delta do Mekong.O exército Nguyễn às vezes também entrou em confronto com o exército siamês para estabelecer influência sobre o antigo Império Khmer.