Badanie genetyki azjatyckiej sugeruje, że pierwotni ludzie w Azji Wschodniej pochodzili z Azji Południowo-Wschodniej.^[14] Rdzenne grupy półwyspu można podzielić na trzy grupy etniczne: Negritos, Senoi i proto-Malajów.^[15] Pierwszymi mieszkańcami Półwyspu Malajskiego byli najprawdopodobniej Negritos.^[16] Ci mezolityczni myśliwi byli prawdopodobnie przodkami Semang, etnicznej grupy Negrito.^[17] Senoi wydają się być grupą złożoną, w której około połowa linii matczynego mitochondrialnego DNA wywodzi się od przodków Semang, a około połowa pochodzi od późniejszych migracji przodków z Indochin.Uczeni sugerują, że są potomkami wczesnych rolników mówiących po austroazjatycku, którzy przywieźli swój język i technologię do południowej części półwyspu około 4000 lat temu.Zjednoczyli się i zjednoczyli z rdzenną ludnością.^[18] Proto Malajowie mają bardziej zróżnicowane pochodzenie ^[19] i osiedlili się w Malezji około 1000 roku p.n.e. w wyniku ekspansji austronezyjskiej.^[20] Chociaż wykazują pewne powiązania z innymi mieszkańcami morskiej Azji Południowo-Wschodniej, niektórzy mają również przodków w Indochinach mniej więcej w czasie ostatniego maksimum zlodowacenia, około 20 000 lat temu.Obszary obejmujące tereny dzisiejszej Malezji uczestniczyły w Morskiej Jadeitowej Drodze.Sieć handlowa istniała przez 3000 lat, od 2000 roku p.n.e. do 1000 roku n.e.^[21]Antropolodzy popierają pogląd, że Proto-Malajowie pochodzili z terenów dzisiejszego Yunnanw Chinach .^[22] Następnie nastąpiło rozproszenie wczesnoholoceńskie przez Półwysep Malajski na Archipelag Malajski.^[23] Około 300 roku p.n.e. zostali zepchnięci w głąb lądu przez Deutero-Malajów, lud z epoki żelaza lub brązu, wywodzący się częściowo z Chams w Kambodży i Wietnamie .Deutero-Malajowie, pierwsza grupa na półwyspie, która używała narzędzi metalowych, byli bezpośrednimi przodkami dzisiejszych Malezyjczyków i przywieźli ze sobą zaawansowane techniki rolnicze.^[17] Malajowie pozostali podzieleni politycznie na całym archipelagu malajskim, chociaż mieli wspólną kulturę i strukturę społeczną.^[24]