W okresie bizantyjskim (począwszy od 390 roku n.e.) region poprzednio będący częścią Cesarstwa Rzymskiego został zdominowany przez chrześcijaństwo pod panowaniem Bizancjum. Zmianę tę przyspieszył napływ chrześcijańskich pielgrzymów i budowa kościołów w miejscach biblijnych.^[123] Mnisi odegrali także rolę w nawracaniu lokalnych pogan, zakładając klasztory w pobliżu ich osad.^[124]Społeczność żydowska w Palestynie stanęła w obliczu upadku, tracąc status większości w IV wieku.^[125] Wzrosły ograniczenia wobec Żydów, w tym zakazy budowania nowych miejsc kultu, sprawowania urzędów publicznych i posiadania chrześcijańskich niewolników.^[126] Żydowskie przywództwo, w tym biuro Nasi i Sanhedryn, zostało rozwiązane w 425 r., a od tego czasu żydowskie centrum w Babilonii zyskało na znaczeniu.^[123]W V i VI wieku Samarytanie zbuntowali się przeciwko panowaniu Bizancjum, które zostały stłumione, zmniejszając wpływy Samarytan i wzmacniając dominację chrześcijan.^[127] Zapisy dotyczące konwersji Żydów i Samarytan na chrześcijaństwo w tym okresie są ograniczone i dotyczą głównie jednostek, a nie społeczności.^[128]W 611 r. Khosrow II z Persji Sasanidów , wspomagany przez siły żydowskie, najechał i zdobył Jerozolimę.^[129] Schwytanie obejmowało zajęcie „Prawdziwego Krzyża”.Nehemiasz ben Chusziel został mianowany namiestnikiem Jerozolimy.W 628 roku, po traktacie pokojowym z Bizantyjczykami, Kavad II zwrócił Bizantyjczykom Palestynę i Prawdziwy Krzyż.Doprowadziło to do masakry Żydów w Galilei i Jerozolimie dokonanej przez Herakliusza , który również odnowił zakaz wjazdu Żydów do Jerozolimy.^[130]