Pierwsza Fitna, poważna wczesna islamska wojna domowa, doprowadziła do znaczących zmian w zarządzaniu Egiptem.W tym okresie kalif Ali mianował Muhammada ibn Abi Bakra na gubernatora Egiptu.Jednak Amr ibn al-As, wspierając Umajjadów , pokonał Ibn Abi Bakra w 658 r. i rządził Egiptem aż do swojej śmierci w 664 r. Pod rządami Umajjadów pro-umajjadów partyzanci, tacy jak Maslama ibn Mukhallad al-Ansari, nadal rządzili Egiptem aż do drugiej Fitny .Podczas tego konfliktu powstał niepopularny wśród miejscowych Arabów reżim Zubayrida wspierany przez Kharijite.Kalif Umajjadów Marwan I najechał Egipt w 684 r., przywracając kontrolę Umajjadów i mianując swojego syna, Abd al-Aziza, na gubernatora, który skutecznie rządził jako wicekról przez 20 lat.^[82]Pod rządami Umajjadów gubernatorzy tacy jak Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi i Ayyub ibn Sharhabil, wybrani spośród lokalnej elity wojskowej (jund), wprowadzili politykę, która zwiększyła presję na Koptów i zapoczątkowała islamizację.Doprowadziło ^[to] do kilku buntów koptyjskich z powodu wyższych podatków, z których najbardziej zauważalna miała miejsce w 725 r. Arabski stał się językiem urzędowym rządu w 706 r., przyczyniając się do powstania egipskiego języka arabskiego.Okres Umajjadów zakończył się kolejnymi buntami w latach 739 i 750.W okresie Abbasydów Egipt doświadczył nowych podatków i dalszych buntów koptyjskich.Decyzja kalifa al-Mu'tasima z 834 r. o centralizacji władzy i kontroli finansowej doprowadziła do znaczących zmian, w tym zastąpienia lokalnych oddziałów arabskich żołnierzami tureckimi.W IX wieku liczba muzułmanów przewyższyła chrześcijan koptyjskich , wraz z nasileniem się procesów arabizacji i islamizacji.„Anarchia w Samarze” w sercu Abbasydów ułatwiła powstanie ruchów rewolucyjnych Alidów w Egipcie.^[84]Okres Tulunidów rozpoczął się w 868 r., kiedy gubernatorem został mianowany Ahmad ibn Tulun, co oznaczało zwrot w stronę politycznej niezależności Egiptu.Pomimo wewnętrznych walk o władzę Ibn Tulun ustanowił de facto niezależne rządy, gromadząc znaczne bogactwa i rozszerzając wpływy na Lewant.Jednakże jego następcy stanęli w obliczu wewnętrznych konfliktów i zagrożeń zewnętrznych, co doprowadziło do podboju Egiptu przez Abbasydów w 905 r ^{[. 85]}W Egipcie po Tulunidach trwały konflikty i pojawiały się wpływowe osobistości, takie jak turecki dowódca Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Jego śmierć w 946 r. doprowadziła do pokojowej sukcesji jego syna Unujura i późniejszych rządów Kafuru.Jednak podbój Fatymidów w 969 r. zakończył ten okres, rozpoczynając nową erę w historii Egiptu.^[86]