Tijdens de Byzantijnse periode (vanaf 390 CE) werd de regio die voorheen deel uitmaakte van het Romeinse Rijk gedomineerd door het christendom onder Byzantijnse heerschappij. Deze verschuiving werd versneld door de toestroom van christelijke pelgrims en de bouw van kerken op bijbelse locaties. [123] Monniken speelden ook een rol bij het bekeren van lokale heidenen door kloosters in de buurt van hun nederzettingen te stichten. [124]
De Joodse gemeenschap in Palestina werd geconfronteerd met verval en verloor in de vierde eeuw haar meerderheidsstatus. [125] De beperkingen voor joden namen toe, waaronder een verbod op het bouwen van nieuwe gebedshuizen, het bekleden van openbare ambten en het bezitten van christelijke slaven. [126] Het Joodse leiderschap, inclusief het Nasi-bureau en het Sanhedrin, werd in 425 ontbonden, waarna het Joodse centrum in Babylonië steeds meer bekendheid kreeg. [123]
In de 5e en 6e eeuw waren er Samaritaanse opstanden tegen de Byzantijnse overheersing, die werden onderdrukt, waardoor de Samaritaanse invloed afnam en de christelijke dominantie werd versterkt. [127] De verslagen van Joodse en Samaritaanse bekeringen tot het christendom gedurende deze periode zijn beperkt en hebben meestal betrekking op individuen en niet op gemeenschappen. [128]
In 611 viel Khosrow II van het Sassanidische Perzië , geholpen door Joodse troepen, Jeruzalem binnen en veroverde het. [129] De gevangenneming omvatte de inbeslagname van het "Ware Kruis". Nehemia ben Hushiel werd benoemd tot gouverneur van Jeruzalem. In 628, na een vredesverdrag met de Byzantijnen, gaf Kavad II Palestina en het Ware Kruis terug aan de Byzantijnen. Dit leidde tot een bloedbad onder Joden in Galilea en Jeruzalem door Heraclius , die ook het verbod op Joodse toegang tot Jeruzalem hernieuwde. [130]