Исламын эхэн үеийн томоохон иргэний дайн болох Анхны Фитна Египетийн засаглалд томоохон өөрчлөлт оруулахад хүргэсэн.Энэ хугацаанд Халиф Али Египетийн захирагчаар Мухаммед ибн Аби Бакрыг томилов.Гэсэн хэдий ч Амр ибн аль-Ас Умайядуудыг дэмжиж, 658 онд Ибн Аби Бакрыг ялж, 664 онд нас барах хүртлээ Египетийг захирч байв. Умайядуудын үед Маслама ибн Мухаллад аль-Ансари зэрэг Умайядыг дэмжигч партизанууд Хоёрдугаар Фитна хүртэл Египетийг захирч байв. .Энэ мөргөлдөөний үеэр нутгийн арабуудын дунд нэр хүндгүй байсан Харижитуудын дэмжлэгтэй Зубайридын дэглэм тогтжээ.Умайяд халиф I Марван 684 онд Египет рүү довтолж, Умайядуудын хяналтыг сэргээж, 20 жилийн турш дэд ванаар үр дүнтэй захирч байсан хүү Абд аль-Азизыг захирагчаар томилов.^[82]Умайядуудын үед орон нутгийн цэргийн элитээс (жунд) сонгогдсон Абд аль-Малик ибн Рифаа аль-Фахми, Айюб ибн Шархабил зэрэг амбан захирагчид Коптуудад дарамт шахалт үзүүлэх бодлогыг хэрэгжүүлж, исламчлалыг эхлүүлсэн.^[83] Энэ нь татвар нэмэгдсэний улмаас хэд хэдэн Коптуудын бослого гарахад хүргэсэн бөгөөд хамгийн алдартай нь 725 онд байсан. Араб хэл нь 706 онд засгийн газрын албан ёсны хэл болж, Египет Араб хэл үүсэхэд хувь нэмэр оруулсан.Умайядуудын үе 739, 750 онд дахин бослого гарснаар дуусав.Аббасидын үед Египетэд шинэ татвар ногдуулж, Коптуудын бослого гарч байв.Халиф аль-Мутасим 834 онд эрх мэдэл, санхүүгийн хяналтыг төвлөрүүлэх шийдвэр гаргаснаар орон нутгийн Арабын цэргийг турк цэргүүдээр сольсон зэрэг томоохон өөрчлөлтүүд гарчээ.9-р зуунд лалын шашинтнууд Копт Христэд итгэгчдийг давж, арабчлах, исламжих үйл явц эрчимжсэн.Аббасидын гол нутаг дахь "Самарра дахь анархи" нь Египетэд Алидын хувьсгалт хөдөлгөөнүүдийн өсөлтийг бий болгосон.^[84]868 онд Ахмад ибн Тулун захирагчаар томилогдсоноор Тулунидын үе эхэлсэн нь Египетийн улс төрийн тусгаар тогтнолд шилжсэн юм.Дотоод эрх мэдлийн төлөөх тэмцлийг үл харгалзан Ибн Тулун бодит бие даасан засаглал тогтоож, ихээхэн хөрөнгө хуримтлуулж, Левант руу нөлөөгөө өргөжүүлэв.Гэвч түүний залгамжлагчид дотоод зөрчилдөөн, гадны аюул заналхийлэлтэй тулгарсан нь 905 онд Аббасид Египетийг эргүүлэн эзлэхэд хүргэсэн ^[85.]Тулунидын дараах Египетэд мөргөлдөөн үргэлжилж, Туркийн командлагч Мухаммед ибн Тугж аль-Ихшид зэрэг нөлөө бүхий эрхмүүд гарч иржээ.946 онд түүнийг нас барснаар түүний хүү Өнөжүүр тайван замаар залгамжлан Кафурыг захирч байв.Гэсэн хэдий ч 969 онд Фатимидуудын байлдан дагуулалт энэ үеийг дуусгаж, Египетийн түүхийн шинэ эрин үеийг эхлүүлэв.^[86]