Un periodo di governo sotto la casa svedese dei Vasa iniziò nel Commonwealth nell'anno 1587. I primi due re di questa dinastia, Sigismondo III (r. 1587–1632) e Władysław IV (r. 1632–1648), tentarono ripetutamente di intrighi per l'adesione al trono di Svezia, che era una costante fonte di distrazione per gli affari del Commonwealth.In quel periodo la Chiesa cattolica lanciò una controffensiva ideologica e la Controriforma fece molti convertiti dagli ambienti protestanti polacchi e lituani.Nel 1596, l'Unione di Brest divise i cristiani orientali della Confederazione per creare la Chiesa uniata di rito orientale, ma soggetta all'autorità del papa.La ribellione di Zebrzydowski contro Sigismondo III si svolse nel 1606-1608.Alla ricerca della supremazia nell'Europa orientale, il Commonwealth combatté guerre con la Russia tra il 1605 e il 1618 sulla scia del periodo dei torbidi russi;la serie di conflitti è denominata guerra polacco-moscovita o Dimitriadi.Gli sforzi portarono all'espansione dei territori orientali della Confederazione polacco-lituana, ma l'obiettivo di conquistare il trono russo per la dinastia regnante polacca non fu raggiunto.La Svezia cercò la supremazia nel Baltico durante le guerre polacco-svedesi del 1617-1629, e l' Impero Ottomano premette da sud nelle battaglie di Cecora nel 1620 e Khotyn nel 1621. L'espansione agricola e le politiche di servitù della gleba nell'Ucraina polacca portarono a una serie di delle rivolte cosacche .Alleato con la monarchia asburgica, il Commonwealth non partecipò direttamente allaGuerra dei Trent'anni. Il regno di Ladislao IV fu per lo più pacifico, con un'invasione russa sotto forma della Guerra di Smolensk del 1632-1634 respinta con successo.La gerarchia della Chiesa ortodossa, bandita in Polonia dopo l'Unione di Brest, fu ristabilita nel 1635.