A 16. század elején, Egyiptom 1517-es oszmán hódítása után I. Szelim szultán Yunus pasát nevezte ki Egyiptom kormányzójává, de korrupciós problémák miatt hamarosan Hayır bég váltotta fel.^[97] Ez az időszak hatalmi harcot jelentett az oszmán képviselők és a jelentős befolyást megőrzőmamelukok között.A mamelukokat beépítették az adminisztratív struktúrába, és kulcspozíciókat töltöttek be Egyiptom 12 szandzsákjában.Csodálatos Szulejmán szultán alatt a Nagy Díván és a Kis Díván a pasa segítésére jött létre, a hadsereg és a vallási hatóságok képviseletével.Szelim hat ezredet hozott létre Egyiptom védelmére, amelyhez Szulejmán egy hetedet is hozzáadott.^[98]Az oszmán kormányzat gyakran cserélte az egyiptomi kormányzót, gyakran évente.Az egyik kormányzó, Hain Ahmed pasa megkísérelte a függetlenség megteremtését, de meghiúsították és kivégezték.^[98] 1527-ben Egyiptomban földmérést végeztek, amelyben a földeket négy típusba sorolták: a szultáni birtok, a hűbérbirtok, a katonai fenntartó föld és a vallási alapítványi földek.Ezt a felmérést 1605-ben hajtották végre. ^[98]A 17. századot Egyiptomban katonai lázadások és konfliktusok jellemezték, gyakran a csapatok általi zsarolások megfékezésére irányuló kísérletek miatt.1609-ben egy jelentős konfliktus vezetett Kara Mehmed pasa diadalmas bevonulásához Kairóba, amit pénzügyi reformok követtek.^[98] Ez idő alatt a helyi mameluk bégek uralmat szereztek az egyiptomi adminisztrációban, gyakran katonai pozíciókat töltöttek be, és kihívták az oszmánok által kinevezett kormányzókat.^[99] Az erős helyi kötődésű egyiptomi hadsereg gyakran befolyásolta a kormányzók kinevezését, és jelentős ellenőrzést gyakorolt ​​a közigazgatás felett.^[100]A században két befolyásos frakció is felemelkedett Egyiptomban: a faqari, amely az oszmán lovassághoz kötődik, és a Qasimi, amely az őslakos egyiptomi csapatokhoz kapcsolódik.Ezek a különálló színeik és szimbólumaik által szimbolizált frakciók jelentősen befolyásolták az oszmán Egyiptom kormányzását és politikáját.^[101]