עד סוף שנות ה-60 הקימו מנהיגי מייג'י שיטה שהכריזה על שוויון בחינוך לכולם בתהליך המודרניזציה של המדינה.לאחר 1868 מנהיגות חדשה העמידה את יפן על מסלול מהיר של מודרניזציה.מנהיגי מייג'י הקימו מערכת חינוך ציבורית למודרניזציה של המדינה.משלחות כמו משימת איוואקורה נשלחו לחו"ל כדי ללמוד את מערכות החינוך של מדינות מערביות מובילות.הם חזרו עם רעיונות של ביזור, מועצות בתי ספר מקומיות ואוטונומיה של מורים.רעיונות כאלה ותוכניות ראשוניות שאפתניות, לעומת זאת, התבררו כקשים מאוד לביצוע.לאחר ניסוי וטעייה, נוצרה מערכת חינוך לאומית חדשה.כאינדיקציה להצלחתו, מספר הנרשמים לבתי הספר היסודיים טיפסו מכ-30% מאוכלוסיית גילאי בית הספר בשנות ה-70 ליותר מ-90% עד שנת 1900, למרות מחאה ציבורית עזה, במיוחד נגד אגרות בית הספר.בשנת 1871 הוקם משרד החינוך.בית הספר היסודי נעשה חובה משנת 1872, ונועד ליצור מקצועות נאמנים של הקיסר.חטיבות הביניים היו בתי ספר מכינים לתלמידים שנועדו להיכנס לאחת מהאוניברסיטאות האימפריאליות, והאוניברסיטאות האימפריאליות נועדו ליצור מנהיגים מערביים שיוכלו לכוון את המודרניזציה של יפן.בדצמבר, 1885, הוקמה שיטת הממשלה, ומורי ארינורי הפך לשר החינוך הראשון של יפן.מורי, יחד עם אינואה קוואשי יצרו את הבסיס למערכת החינוך של אימפריית יפן על ידי הוצאת סדרה של צווים משנת 1886. חוקים אלה הקימו מערכת בית ספר יסודי, מערכת חטיבת ביניים, מערכת בתי ספר רגילה ומערכת אוניברסיטאית אימפריאלית.בעזרת יועצים זרים, כמו המחנכים האמריקאים דיוויד מורי ומריון מקארל סקוט, נוצרו גם בתי ספר רגילים להכשרת מורים בכל מחוז.יועצים אחרים, כמו ג'ורג' אדמס לילנד, גויסו כדי ליצור סוגים ספציפיים של תוכנית לימודים.עם התיעוש הגובר של יפן, גדל הביקוש להשכלה גבוהה ולהכשרה מקצועית.אינואה קוואשי, שהלכה בעקבות מורי כשר החינוך, הקימה מערכת ממלכתית של בתי ספר מקצועיים, וגם קידמה את חינוך הנשים באמצעות מערכת בתי ספר נפרדת לבנות.חינוך החובה הוארכה לשש שנים בשנת 1907. על פי החוקים החדשים ניתן היה להוציא ספרי לימוד רק באישור משרד החינוך.תכנית הלימודים התרכזה בחינוך מוסרי (שמטרתו בעיקר להחדיר פטריוטיות),
מתמטיקה , עיצוב, קריאה וכתיבה, קומפוזיציה, קליגרפיה יפנית, היסטוריה יפנית, גיאוגרפיה, מדעים, רישום, שירה וחינוך גופני.כל הילדים בני אותו גיל למדו כל נושא מאותה סדרת ספרי לימוד.