הח'ליפות הפאטמית , שושלת שיעית איסמאאילית, התקיימה מהמאות ה-10 עד ה-12 לספירה.הוא נקרא על שם פטימה, בתו של הנביא האסלאמימוחמד , ובעלה, עלי אבן אבי טאליב.הפאטימים הוכרו על ידי קהילות איסמאיליות שונות וזרמים מוסלמיים אחרים.^[87] שלטונם השתרע ממערב הים התיכון ועד לים סוף, כולל צפון אפריקה, חלקים מהמגרב, סיציליה, הלבנט והחיג'אז.המדינה הפאטמית הוקמה בין 902 ל-909 לספירה בהנהגתו של אבו עבדאללה.הוא כבש את אגלאביד איפריקיה, וסלל את הדרך לח'ליפות.^[88] עבדאללה אל-מהדי בילה, המוכר כאימאם, הפך לח'ליף הראשון בשנת 909 לספירה.^[89] בתחילה שימשה אל-מהדיה כבירה, נוסדה בשנת 921 לספירה, ולאחר מכן עברה לאל-מנצוריה בשנת 948 לספירה.תחת שלטונו של אל-מועיז, נכבשה מצרים בשנת 969 לספירה, וקהיר הוקמה כבירה החדשה בשנת 973 לספירה.מצרים הפכה ללב התרבותי והדתי של האימפריה, וטיפחה תרבות ערבית ייחודית.^[90]הח'ליפות הפאטמית הייתה ידועה בסובלנותה הדתית כלפי מוסלמים, יהודים ונוצרים שאינם שיעים , ^[91] למרות שנאבקה להמיר את האוכלוסייה המצרית לאמונותיה.^[92] בתקופת שלטונם של אל-עזיז ואל-חכים, ובמיוחד בתקופת אל-מוסטנסיר, הח'ליפות ראתה את הח'ליפים פחות מעורבים בענייני המדינה, כאשר הווזירים צוברים יותר כוח.^[93] שנות ה-1060 הביאו למלחמת אזרחים, הניזונה על ידי פילוגים פוליטיים ואתניים בתוך הצבא, ואיימה על האימפריה.^[94]למרות התעוררות קצרה תחת הווזיר בדר אל-ג'מאלי, הח'ליפות הפאטמית דעכה בסוף המאה ה-11 וה-12, ^[95] נחלשה עוד יותר על ידי הטורקים הסלג'וקים בסוריה והצלבנים בלבנט.^[94] בשנת 1171 לספירה ביטל צלאח א-דין את השלטון הפאטימי, הקים את השושלת האיובית והכניס מחדש את מצרים לסמכות הח'ליפות העבאסית .^[96]