Ensimmäinen Fitna, suuri varhainen islamilainen sisällissota, johti merkittäviin muutoksiin Egyptin hallinnossa.Tänä aikana kalifi Ali nimitti Muhammad ibn Abi Bakrin Egyptin kuvernööriksi.Umayyadeja tukenut Amr ibn al-As voitti kuitenkin Ibn Abi Bakrin vuonna 658 ja hallitsi Egyptiä hänen kuolemaansa saakka vuonna 664. Umayyadien aikana Umayyad-mieliset partisaanit kuten Maslama ibn Mukhallad al-Ansari hallitsivat Egyptiä toiseen Fitnaan saakka. .Tämän konfliktin aikana perustettiin Kharijitien tukema Zubayrid-hallinto, joka ei ollut suosittu paikallisten arabien keskuudessa.Umayyad-kalifi Marwan I hyökkäsi Egyptiin vuonna 684, palautti Umayyadin vallan ja nimitti poikansa Abd al-Azizin kuvernööriksi, joka hallitsi tehokkaasti varakuninkaana 20 vuotta.^[82]Umayyadien aikana kuvernöörit, kuten Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi ja Ayyub ibn Sharhabil, jotka valittiin paikallisesta sotilaallisesta eliitistä (jund), toteuttivat politiikkaa, joka lisäsi painetta kopteihin ja aloitti islamisoinnin.^[83] Tämä johti useisiin koptikapinoihin kohonneen verotuksen vuoksi, joista merkittävin oli vuonna 725. Arabiasta tuli virallinen hallituksen kieli vuonna 706, mikä vaikutti Egyptin arabian kielen muodostumiseen.Umayyad-kausi päättyi uusiin kapinoihin vuosina 739 ja 750.Abbasidien aikana Egypti koki uusia veroja ja uusia koptikapinaa.Kalifi al-Mu'tasimin päätös keskittää valta ja taloushallinto vuonna 834 johti merkittäviin muutoksiin, mukaan lukien paikallisten arabijoukkojen korvaamiseen turkkilaisilla sotilailla.800-luvulla muslimiväestö ohitti koptikristityt , ja arabisaatio- ja islamisaatioprosessit kiihtyivät."Anarkia Samarrassa" Abbasidin ydinalueella helpotti Alidin vallankumouksellisten liikkeiden nousua Egyptissä.^[84]Tulunid-kausi alkoi vuonna 868, kun Ahmad ibn Tulun nimitettiin kuvernööriksi, mikä merkitsi muutosta kohti Egyptin poliittista itsenäisyyttä.Huolimatta sisäisistä valtataisteluista Ibn Tulun perusti tosiasiassa itsenäisen hallinnon, joka keräsi merkittävää varallisuutta ja laajensi vaikutusvaltaa Levantille.Hänen seuraajansa kohtasivat kuitenkin sisäisiä kiistoja ja ulkoisia uhkia, mikä johti Abbasidien Egyptin takaisinvalloitukseen vuonna 905. ^[85]Tulunidien jälkeisessä Egyptissä jatkuivat konfliktit ja vaikutusvaltaisten henkilöiden, kuten turkkilaisen komentajan Muhammad ibn Tughj al-Ikhshidin, nousu.Hänen kuolemansa vuonna 946 johti hänen poikansa Unujurin rauhanomaiseen perintöön ja myöhempään Kafurin hallintoon.Fatimidien valloitus vuonna 969 kuitenkin päätti tämän ajanjakson ja aloitti Egyptin historian uuden aikakauden.^[86]