در سال 1988 دموکراسی در پاکستان با انتخابات عمومی پس از مرگ رئیس جمهور ضیاءالحق برقرار شد.این انتخابات منجر به بازگشت حزب مردم پاکستان (PPP) به قدرت شد و بی نظیر بوتو اولین نخست وزیر زن پاکستان و اولین زن رئیس دولت در کشوری با اکثریت مسلمان شد.این دوره، که تا سال 1999 ادامه داشت، با یک سیستم دو حزبی رقابتی، با محافظه کاران راست میانه به رهبری نواز شریف و سوسیالیست های چپ میانه تحت رهبری بی نظیر بوتو مشخص می شد.بوتو در دوران تصدی خود، پاکستان را در مراحل پایانی جنگ سرد هدایت کرد و به دلیل بی اعتمادی مشترک به کمونیسم، سیاست های غربگرا را حفظ کرد.دولت او شاهد خروج نیروهای شوروی از افغانستان بود.با این حال، کشف پروژه بمب اتمی پاکستان به تیرگی روابط با ایالات متحده و اعمال تحریم های اقتصادی منجر شد.دولت بوتو همچنین با چالش‌هایی در افغانستان مواجه بود که مداخله نظامی ناموفق منجر به برکناری مدیران سرویس‌های اطلاعاتی شد.علیرغم تلاش ها برای احیای اقتصاد، از جمله برنامه پنج ساله هفتم، پاکستان دچار رکود تورمی شد و دولت بوتو در نهایت توسط رئیس جمهور محافظه کار غلام اسحاق خان برکنار شد.