در طول اشغال، تنش های قومی افزایش یافت و ناسیونالیسم رشد کرد.^[82] بریتانیا ورشکسته بود و دولت جدید کارگر مشتاق بود نیروهای خود را از شرق خارج کند.اما بیشتر مالایی‌ها بیشتر نگران دفاع از خود در برابر MCP بودند تا درخواست استقلال از بریتانیا.در سال 1944، بریتانیا طرح‌هایی را برای اتحادیه مالایا طراحی کرد که ایالات فدرال و غیرفدراسیون مالایی، به اضافه پنانگ و مالاکا (اما نه سنگاپور ) را به یک مستعمره ولیعهد تبدیل می‌کرد، با چشم‌انداز استقلال.این حرکت، با هدف استقلال نهایی، با مقاومت قابل توجهی از سوی مالایی ها مواجه شد، که در درجه اول به دلیل شهروندی برابر برای چینی ها و سایر اقلیت ها بود.انگلیسی ها این گروه ها را در طول جنگ وفادارتر از مالایی ها می دانستند.این مخالفت منجر به انحلال اتحادیه مالایا در سال 1948 شد و جای خود را به فدراسیون مالایا داد که خودمختاری حاکمان ایالت مالایی را تحت حمایت بریتانیا حفظ کرد.به موازات این تغییرات سیاسی، حزب کمونیست مالایا (MCP) که عمدتاً توسط چینی‌های قومی حمایت می‌شد، در حال رشد بود.MCP که در ابتدا یک حزب قانونی بود، با آرزوی اخراج بریتانیایی ها از مالایا به سمت جنگ چریکی روی آورده بود.در ژوئیه 1948، دولت بریتانیا وضعیت اضطراری را اعلام کرد که باعث شد MCP به جنگل عقب نشینی کند و ارتش آزادیبخش خلق مالایا را تشکیل دهد.علل اصلی این درگیری از تغییرات قانون اساسی که چینی‌های قومی را به حاشیه راند تا جابجایی دهقانان برای توسعه مزارع متغیر بود.با این حال، MCP حداقل حمایت از قدرت های کمونیستی جهانی را به دست آورد.وضعیت اضطراری مالایا، که از سال 1948 تا 1960 به طول انجامید، شاهد به کارگیری تاکتیک های مدرن ضد شورش توسط بریتانیایی ها بود که توسط ژنرال سر جرالد تمپلر طراحی شده بود، علیه MCP.در حالی که درگیری شاهد سهم خود از جنایات، مانند قتل عام باتانگ کالی بود، استراتژی بریتانیا برای منزوی کردن MCP از پایگاه پشتیبانی خود، همراه با امتیازات اقتصادی و سیاسی، به تدریج شورشیان را تضعیف کرد.در اواسط دهه 1950، موج بر ضد MCP برگشت و زمینه را برای استقلال فدراسیون در داخل کشورهای مشترک المنافع در 31 اوت 1957 با تونکو عبدالرحمان به عنوان نخست وزیر افتتاحیه آن فراهم کرد.