در سال 538 پیش از میلاد، کوروش بزرگ امپراتوری هخامنشی بابل را فتح کرد و آن را در امپراتوری خود گنجاند.او با صدور اعلامیه ای به نام فرمان کوروش، آزادی مذهبی را به کسانی که تحت فرمانروایی بابل بودند اعطا کرد.این امر به یهودیان تبعیدی در بابل، از جمله 50000 یهودی به رهبری زروبابل، امکان بازگشت به یهودا و بازسازی معبد اورشلیم را که در حدود 515 قبل از میلاد تکمیل شد، داد.^[80] علاوه بر این، در سال 456 قبل از میلاد، گروه دیگری متشکل از 5000 نفر به رهبری عزرا و نحمیا بازگشتند.اولی توسط پادشاه ایران مأمور اجرای احکام دینی شد، در حالی که دومی به عنوان فرماندار با مأموریت بازسازی دیوارهای شهر منصوب شد.^[۸۱] یهود، به نام منطقه، تا سال ۳۳۲ پیش از میلاد یکی از استان‌های هخامنشی باقی ماند.اعتقاد بر این است که متن نهایی تورات، مطابق با پنج کتاب اول کتاب مقدس، در دوره فارسی (حدود 450 تا 350 پیش از میلاد) از طریق ویرایش و یکسان سازی متون قبلی گردآوری شده است.^[82] اسرائیلیان بازگشته خط آرامی را از بابل اتخاذ کردند که اکنون خط عبری مدرن است و تقویم عبری که شبیه تقویم بابلی است احتمالاً مربوط به این دوره است.^[83]کتاب مقدس تنش بین بازگشت کنندگان، نخبگان دوره معبد اول ^[84] و کسانی که در یهودا ماندند را بازگو می کند.^[85] عودت کنندگان، احتمالاً تحت حمایت سلطنت ایران، ممکن بود به مالکان مهمی تبدیل شوند، به ضرر کسانی که به کار زمین در یهودا ادامه داده بودند.مخالفت آنها با معبد دوم ممکن است نشان دهنده ترس از دست دادن حقوق زمین به دلیل طرد شدن از این فرقه باشد.^[84] یهودا عملاً به یک حکومت مذهبی تبدیل شد که توسط کاهنان اعظم موروثی رهبری می شد ^[86] و یک فرماندار منصوب شده توسط پارسی، اغلب یهودی، مسئول حفظ نظم و تضمین پرداخت خراج.^[87] به طور قابل توجهی، یک پادگان نظامی یهودیه توسط ایرانیان در جزیره Elephantine نزدیک اسوان درمصر مستقر بود.