در اوایل قرن شانزدهم، پس از فتح مصر توسط عثمانی ها در سال 1517، سلطان سلیم اول، یونس پاشا را به عنوان فرماندار مصر منصوب کرد، اما به زودی به دلیل مسائل فساد، حییر بیگ جایگزین وی شد.^[97] این دوره نشانه جنگ قدرت بین نمایندگان عثمانی وممالیک بود که نفوذ قابل توجهی را حفظ کردند.مملوک ها در ساختار اداری گنجانده شدند و مناصب کلیدی را در 12 سنجاق مصر داشتند.در زمان سلطان سلیمان اعظم، دیوان بزرگ و دیوان کوچک برای کمک به پاشا با نمایندگی ارتش و مقامات مذهبی تأسیس شد.سلیم شش هنگ برای حفاظت مصر ایجاد کرد که سلیمان هفتمین آن را اضافه کرد.^[98]دولت عثمانی غالباً هر سال فرماندار مصر را تغییر می داد.یکی از فرمانداران، هاین احمد پاشا، تلاش کرد استقلال را ایجاد کند اما ناکام ماند و اعدام شد.^[98] در سال 1527، یک بررسی زمینی در مصر انجام شد که زمین ها را به چهار نوع طبقه بندی کرد: قلمرو سلطان، فیف ها، زمین های نگهداری نظامی، و زمین های بنیاد مذهبی.این بررسی در سال 1605 اجرا شد. ^[98]قرن هفدهم در مصر با شورش‌ها و درگیری‌های نظامی مشخص می‌شد که اغلب به دلیل تلاش برای مهار اخاذی توسط سربازان بود.در سال 1609، یک درگیری مهم منجر به ورود پیروزمندانه کارا محمد پاشا به قاهره و به دنبال آن اصلاحات مالی شد.^[98] در این مدت، بیگ‌های مملوک محلی در اداره مصر تسلط یافتند و اغلب مناصب نظامی داشتند و فرمانداران منصوب عثمانی را به چالش می‌کشیدند.^[99] ارتش مصر، با روابط محلی قوی، غالباً بر انتصاب فرمانداران تأثیر می گذاشت و کنترل قابل توجهی بر اداره داشت.^[100]این قرن همچنین شاهد ظهور دو جناح با نفوذ در مصر بود: فقاری ها که با سواره نظام عثمانی مرتبط بودند و قاسمی که با نیروهای بومی مصر مرتبط بودند.این جناح‌ها که با رنگ‌ها و نمادهای متمایزشان نمادی می‌شدند، به‌طور چشمگیری بر حکومت و سیاست مصر عثمانی تأثیر گذاشتند.^[101]