نسل کشی کامبوج آزار و اذیت و کشتار منظم شهروندان کامبوجی توسط خمرهای سرخ تحت رهبری پل پوت، دبیر کل حزب کمونیست کامبوچیا بود.این امر منجر به مرگ 1.5 تا 2 میلیون نفر از سال 1975 تا 1979 شد که تقریباً یک چهارم جمعیت کامبوج در سال 1975 (حدود 7.8 میلیون نفر) بود.^[89] کشتارها با حمله ارتش ویتنام در سال 1978 و سرنگونی رژیم خمرهای سرخ پایان یافت.تا ژانویه 1979، 1.5 تا 2 میلیون نفر به دلیل سیاست های خمرهای سرخ جان باختند، از جمله 200000-300000 چینی کامبوجی، 90000-500000 چام کامبوج (که اکثرا مسلمان هستند)، ^[90] و 20،000 ویتنامی کامبوجی.^[91] 20000 نفر از زندان امنیتی 21، یکی از 196 زندانی که خمرهای سرخ اداره می‌کردند، گذشتند، ^[92] و تنها هفت بزرگسال زنده ماندند.^[93] زندانیان را به کشتارگاه بردند و در آنجا اعدام کردند (اغلب با کلنگ، برای نجات گلوله) ^[94] و در گورهای دسته جمعی دفن شدند.ربودن و تلقین کودکان بسیار گسترده بود و بسیاری متقاعد یا مجبور به ارتکاب جنایات شدند.^[95] تا سال 2009، مرکز اسناد کامبوج نقشه 23745 گور دسته جمعی را که حاوی حدود 1.3 میلیون قربانی مظنون اعدام است، ترسیم کرده است.اعتقاد بر این است که اعدام مستقیم بیش از 60 درصد از تلفات نسل کشی را تشکیل می دهد ^[96] و سایر قربانیان در اثر گرسنگی، خستگی یا بیماری تسلیم می شوند.نسل کشی باعث خروج دوم پناهجویان شد که بسیاری از آنها به تایلند همسایه و تا حدی ویتنام گریختند.^[97]در سال 2001، دولت کامبوج دادگاه خمرهای سرخ را برای محاکمه اعضای رهبری خمرهای سرخ مسئول نسل کشی کامبوج تأسیس کرد.محاکمه ها در سال 2009 آغاز شد و در سال 2014، نوون چیا و کیو سامفان به دلیل جنایت علیه بشریت که در جریان نسل کشی مرتکب شده بودند، مجرم شناخته شدند و به حبس ابد محکوم شدند.