محاصره ناکسوس (499 پیش از میلاد) تلاش نافرجامی از سوی آریستاگوراس ستمگر میلزی بود که با حمایت و به نام امپراتوری ایرانی داریوش بزرگ، برای فتح جزیره ناکسوس عمل می کرد.این اقدام آغازین جنگ های یونان و ایران بود که در نهایت 50 سال به طول انجامید.اشراف تبعیدی ناکسی که به دنبال بازگشت به جزیره خود بودند، به آریستاگوراس مراجعه کردند.آریستاگوراس با دیدن فرصتی برای تقویت موقعیت خود در میلتوس، از ارباب خود، پادشاه ایران، داریوش بزرگ، و ساتراپ محلی، آرتافرنس برای فتح ناکسوس کمک گرفت.ایرانی ها با موافقت با این اکسپدیشن، نیرویی متشکل از 200 ترییر را به فرماندهی مگابیت ها جمع کردند.اکسپدیشن به سرعت به ورشکستگی فرو رفت.آریستاگوراس و مگاباتس در سفر به ناکسوس با هم نزاع کردند و شخصی (احتمالا مگاباتس) ناکسی ها را از رسیدن قریب الوقوع نیرو مطلع کرد.هنگامی که آنها وارد شدند، ایرانی ها و ایونی ها با شهری روبرو شدند که به خوبی آماده محاصره بودند.نیروهای اعزامی به موقع مستقر شدند تا مدافعان را محاصره کنند، اما پس از چهار ماه بی نتیجه ماندند، پولشان تمام شد و مجبور شدند به آسیای صغیر بازگردند.پس از این لشکرکشی فاجعه بار، و با احساس برکناری قریب الوقوع خود به عنوان ظالم، آریستاگوراس تصمیم گرفت تا کل ایونیا را علیه داریوش بزرگ به شورش برانگیزد.شورش سپس به کاریا و قبرس گسترش یافت.پس از آن سه سال لشکرکشی ایرانیان در سراسر آسیای صغیر، بدون تأثیر قطعی، پیش از آن که ایرانیان دوباره جمع شده و مستقیماً به کانون شورش در میلتوس برسند، دنبال شد.در نبرد لاد، ایرانیان قاطعانه ناوگان ایونی را شکست دادند و عملاً به شورش پایان دادند.اگرچه آسیای صغیر دوباره به ایران بازگردانده شده بود، داریوش عهد کرد که آتن و ارتریا را که از شورش حمایت کرده بودند مجازات کند.بنابراین در سال 492 قبل از میلاد اولین حمله ایرانیان به یونان در نتیجه حمله نافرجام به ناکسوس و شورش ایونی آغاز شد.