Η Νεο-Βαβυλωνιακή Αυτοκρατορία, γνωστή και ως Δεύτερη Βαβυλωνιακή Αυτοκρατορία ^[37] ή Χαλδαϊκή Αυτοκρατορία, ^[38] ήταν η τελευταία Μεσοποταμία που κυβερνήθηκε από γηγενείς μονάρχες.^[39] Ξεκίνησε με τη στέψη του Ναμποπολασάρ το 626 π.Χ. και καθιερώθηκε σταθερά μετά την πτώση της Νεοασσυριακής Αυτοκρατορίας το 612 Π.Χ.Ωστόσο, έπεσε στην Περσική Αυτοκρατορία των Αχαιμενιδών το 539 π.Χ., σηματοδοτώντας το τέλος της δυναστείας των Χαλδαίων λιγότερο από έναν αιώνα μετά την ίδρυσή της.Αυτή η αυτοκρατορία σηματοδότησε την πρώτη αναβίωση της Βαβυλώνας και της νότιας Μεσοποταμίας συνολικά, ως κυρίαρχης δύναμης στην αρχαία Εγγύς Ανατολή από την κατάρρευση της Παλαιάς Βαβυλωνιακής Αυτοκρατορίας (υπό το Χαμουραμπί) σχεδόν χίλια χρόνια πριν.Η νεοβαβυλωνιακή περίοδος γνώρισε σημαντική οικονομική και πληθυσμιακή ανάπτυξη και πολιτιστική αναγέννηση.Οι βασιλιάδες αυτής της εποχής ανέλαβαν εκτεταμένα οικοδομικά έργα, αναβιώνοντας στοιχεία από 2.000 χρόνια Σουμερο-Ακκαδικού πολιτισμού, ειδικά στη Βαβυλώνα.Η Νεο-Βαβυλωνιακή Αυτοκρατορία μνημονεύεται ιδιαίτερα λόγω της απεικόνισής της στη Βίβλο, ειδικά όσον αφορά τον Ναβουχοδονόσορ Β'.Η Αγία Γραφή εστιάζει στις στρατιωτικές ενέργειες του Ναβουχοδονόσορ κατά του Ιούδα και στην πολιορκία της Ιερουσαλήμ το 587 Π.Κ.Χ., που οδήγησε στην καταστροφή του Ναού του Σολομώντα και στη Βαβυλωνιακή αιχμαλωσία.Τα βαβυλωνιακά αρχεία, ωστόσο, απεικονίζουν τη βασιλεία του Ναβουχοδονόσορα ως χρυσή εποχή, ανεβάζοντας τη Βαβυλωνία σε πρωτοφανή ύψη.Η πτώση της αυτοκρατορίας οφειλόταν εν μέρει στις θρησκευτικές πολιτικές του τελευταίου βασιλιά, του Ναβονίδου, ο οποίος προτίμησε τον θεό της σελήνης Sîn από τον Marduk, την προστάτιδα θεότητα της Βαβυλώνας.Αυτό έδωσε στον Κύρο τον Μέγα της Περσίας πρόσχημα για εισβολή το 539 π.Χ., τοποθετώντας τον εαυτό του ως αποκαταστάτη της λατρείας του Μαρδούκ.Η Βαβυλώνα διατήρησε την πολιτιστική της ταυτότητα για αιώνες, εμφανής στις αναφορές στα βαβυλωνιακά ονόματα και θρησκεία μέχρι τον 1ο αιώνα π.Χ. κατά τη διάρκεια της Παρθικής Αυτοκρατορίας .Παρά τις πολλές εξεγέρσεις, η Βαβυλώνα δεν ανέκτησε ποτέ την ανεξαρτησία της.