En periode med herredømme under det svenske hus Vasa begyndte i Commonwealth i år 1587. De to første konger fra dette dynasti, Sigismund III (f. 1587-1632) og Władysław IV (f. 1632-1648), forsøgte gentagne gange at intriger for tiltrædelse af Sveriges trone, som var en konstant kilde til distraktion for Commonwealths anliggender.På det tidspunkt indledte den katolske kirke en ideologisk modoffensiv, og modreformationen krævede mange konvertitter fra polske og litauiske protestantiske kredse.I 1596 splittede Union of Brest de østlige kristne i Commonwealth for at skabe den østlige rituals Uniate Church, men underlagt pavens autoritet.Zebrzydowski-oprøret mod Sigismund III udfoldede sig i 1606-1608.For at søge overherredømmet i Østeuropa udkæmpede Commonwealth krige med Rusland mellem 1605 og 1618 i kølvandet på Ruslands uroligheder;rækken af ​​konflikter omtales som den polsk-muskovitiske krig eller dymitriaderne.Indsatsen resulterede i udvidelse af de østlige områder af det polsk-litauiske Commonwealth, men målet om at overtage den russiske trone for det polske regerende dynasti blev ikke nået.Sverige søgte overherredømmet i Østersøen under de polsk-svenske krige 1617-1629, og Osmannerriget pressede sydfra i kampene ved Cecora i 1620 og Khotyn i 1621. Landbrugets ekspansion og livegenskabspolitikken i det polske Ukraine resulterede i en række af kosakoprør .Allieret med det habsburgske monarkiet deltog Commonwealth ikke direkte i30-årskrigen . Władysławs IV regeringstid var for det meste fredelig, med en russisk invasion i form af Smolensk-krigen 1632-1634, der med succes blev slået tilbage.Den ortodokse kirkes hierarki, forbudt i Polen efter foreningen af ​​Brest, blev genetableret i 1635.