The First Fitna, en stor tidlig islamisk borgerkrig, førte til betydelige ændringer i Egyptens regeringsførelse.I denne periode udnævnte kalif Ali Muhammad ibn Abi Bakr til Egyptens guvernør.Imidlertid besejrede Amr ibn al-As, der støttede Umayyaderne , Ibn Abi Bakr i 658 og regerede Egypten indtil sin død i 664. Under Umayyaderne fortsatte pro-umayyad partisaner som Maslama ibn Mukhallad al-Ansari med at regere Egypten indtil Anden Fitna .Under denne konflikt blev det Kharijite-støttede Zubayrid-regime, upopulært blandt lokale arabere, etableret.Umayyad-kalifen Marwan I invaderede Egypten i 684, genindsatte Umayyad-kontrollen og udnævnte sin søn, Abd al-Aziz, til guvernør, der regerede effektivt som vicekonge i 20 år.^[82]Under umayyaderne implementerede guvernører som Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi og Ayyub ibn Sharhabil, valgt fra den lokale militære elite (jund), politikker, der øgede presset på kopterne og igangsatte islamisering.^[83] Dette førte til flere koptiske oprør på grund af øget beskatning, den mest bemærkelsesværdige var i 725. Arabisk blev det officielle regeringssprog i 706, hvilket bidrog til dannelsen af ​​egyptisk arabisk.Umayyad-perioden sluttede med yderligere oprør i 739 og 750.I løbet af den abbasidiske periode oplevede Egypten nye beskatninger og yderligere koptiske oprør.Kalif al-Mu'tasims beslutning i 834 om at centralisere magt og finansiel kontrol førte til betydelige ændringer, herunder udskiftning af lokale arabiske tropper med tyrkiske soldater.I det 9. århundrede så den muslimske befolkning overgå de koptiske kristne , med arabiserings- og islamiseringsprocesser intensiveret."Anarkiet ved Samarra" i det abbasidiske hjerteland lettede fremkomsten af ​​Alids revolutionære bevægelser i Egypten.^[84]Tulunid-perioden begyndte i 868, da Ahmad ibn Tulun blev udnævnt til guvernør, hvilket markerede et skift i retning af Egyptens politiske uafhængighed.På trods af interne magtkampe etablerede Ibn Tulun et de facto uafhængigt styre, der akkumulerede betydelig rigdom og udvidede indflydelse ind i Levanten.Hans efterfølgere stod imidlertid over for interne stridigheder og eksterne trusler, hvilket førte til den abbasidiske generobring af Egypten i 905. ^[85]Post-Tulunid Egypten oplevede fortsatte konflikter og fremkomsten af ​​indflydelsesrige personer som den tyrkiske kommandant Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Hans død i 946 førte til den fredelige arv efter hans søn Unujur og det efterfølgende herredømme over Kafur.Fatimidernes erobring i 969 afsluttede imidlertid denne periode og indvarslede en ny æra af egyptisk historie.^[86]