První Fitna, významná raná islámská občanská válka, vedla k významným změnám ve správě Egypta.Během tohoto období chalífa Ali jmenoval Muhammada ibn Abi Bakra egyptským guvernérem.Nicméně, Amr ibn al-As, podporující Umajjovce , porazil Ibn Abi Bakra v roce 658 a vládl Egyptu až do své smrti v roce 664. Za Umayyadů proumajjovští partyzáni jako Maslama ibn Mukhallad al-Ansari pokračovali ve vládě Egypta až do Druhé Fitny. .Během tohoto konfliktu byl ustaven Zubayridův režim podporovaný Kharijite, neoblíbený mezi místními Araby.Umajjovský chalífa Marwan I. vtrhl do Egypta v roce 684, obnovil kontrolu Umajjů a jmenoval svého syna Abd al-Azíze guvernérem, který účinně vládl jako místokrál po dobu 20 let.^[82]Za vlády Umajjovců zavedli guvernéři jako Abd al-Malik ibn Rifa'a al-Fahmi a Ayyub ibn Sharhabil, vybraní z místní vojenské elity (jund), politiku, která zvýšila tlak na Kopty a zahájila islamizaci.^[83] To vedlo k několika koptským povstáním kvůli zvýšenému zdanění, nejpozoruhodnější v roce 725. Arabština se stala oficiálním vládním jazykem v roce 706, což přispělo k vytvoření egyptské arabštiny.Umajjovské období skončilo dalšími povstáními v letech 739 a 750.Během Abbásovského období zažil Egypt nové zdanění a další koptské povstání.Rozhodnutí chalífy al-Mu'tasima v roce 834 centralizovat moc a finanční kontrolu vedlo k významným změnám, včetně nahrazení místních arabských jednotek tureckými vojáky.V 9. století muslimská populace předčila koptské křesťany , přičemž procesy arabizace a islamizace zesílily.„Anarchie v Samaře“ v srdci Abbasid usnadnila vzestup Alidských revolučních hnutí v Egyptě.^[84]Tulunidské období začalo v roce 868, kdy byl guvernérem jmenován Ahmad ibn Tulun, což znamenalo posun směrem k politické nezávislosti Egypta.Navzdory vnitřním bojům o moc zavedl Ibn Tulun de facto nezávislou vládu, nashromáždil značné bohatství a rozšířil vliv do Levanty.Jeho nástupci však čelili vnitřním sporům a vnějším hrozbám, které vedly k Abbásovu znovudobytí Egypta v roce 905. ^[85]Egypt po Tulunidu viděl pokračující konflikty a vzestup vlivných osobností, jako byl turecký velitel Muhammad ibn Tughj al-Ikhshid.Jeho smrt v roce 946 vedla k pokojnému nástupnictví jeho syna Unujura a následné vládě Kafuru.Fátimské dobytí v roce 969 však toto období ukončilo a zahájilo novou éru egyptských dějin.^[86]