Křižáci dorazili 7. června do Jeruzaléma, který byl
Fátimovci znovu dobytý od
Seldžuků .Mnoho křižáků plakalo, když spatřili město, do kterého cestovali tak dlouho.Fátimský guvernér Iftikhar al-Dawla připravil město na obléhání, když se doslechl o příchodu křižáků.Připravil elitní oddíl 400
egyptských jezdců a vyhnal všechny východní křesťany z města kvůli strachu ze zrady (v obležení Antiochie pomohl
Armén jménem Firoz křižákům vstoupit do města otevřením bran).Aby se situace pro křižáky ještě zhoršila, ad-Daula otrávil nebo zasypal všechny vodní studny a pokácel všechny stromy mimo Jeruzalém.Dne 7. června 1099 se křižáci dostali mimo opevnění Jeruzaléma, které bylo Fátimovci dobyto zpět od Seldžuků teprve před rokem.Město bylo střeženo obrannou zdí dlouhou 4 km, 3 metry silnou a 15 metrů vysokou, bylo zde pět hlavních bran, z nichž každá byla střežena dvojicí věží.Křižáci se rozdělili na dvě velké skupiny – Godfrey z Bouillonu, Robert z Flander a Tancred plánovali obléhat ze severu, zatímco Raymond z Toulouse umístil své síly na jih.