Người Miến Điện , do vua Bayinnaung lãnh đạo, đã chinh phục Chiang Mai, bắt đầu 200 năm cai trị của Miến Điện đối với Lan Na.Xung đột nảy sinh ở các bang Shan, với tham vọng bành trướng của Bayinnaung dẫn đến cuộc xâm lược Lan Na từ phía bắc.Năm 1558, Mekuti, người cai trị Lan Na, đầu hàng quân Miến Điện vào ngày 2 tháng 4 năm 1558. ^[17]Trong Chiến tranh Miến Điện- Xiêm (1563–64), Mekuti nổi dậy với sự khuyến khích của Setthathirath.Tuy nhiên, ông bị quân Miến Điện bắt vào năm 1564 và đưa đến Pegu, thủ đô lúc bấy giờ của Miến Điện.Bayinnaung bổ nhiệm Wisutthithewi, một hoàng gia Lan Na, làm hoàng hậu của Lan Na sau cái chết của Mekuti.Sau đó, vào năm 1579, một trong những người con trai của Bayinnaung là Nawrahta Minsaw ^[18] trở thành phó vương của Lan Na.Trong khi Lan Na được hưởng một số quyền tự trị thì người Miến Điện lại kiểm soát chặt chẽ lao động và thuế má.Sau thời đại của Bayinnaung, đế chế của ông tan rã.Xiêm nổi dậy thành công (1584–93), dẫn đến sự giải tán các chư hầu của Pegu vào năm 1596–1597.Lan Na, dưới sự chỉ đạo của Nawrahta Minsaw, tuyên bố độc lập vào năm 1596 và nhanh chóng trở thành chư hầu của Vua Xiêm Naresuan vào năm 1602. Tuy nhiên, quyền lực của Xiêm suy yếu sau cái chết của Naresuan vào năm 1605, và đến năm 1614, nó có quyền kiểm soát trên danh nghĩa đối với Lan Na.Lan Na tìm kiếm sự trợ giúp từ Lan Xang thay vì Xiêm khi quân Miến quay trở lại.^[19] Trong hơn một thế kỷ sau năm 1614, các vị vua chư hầu gốc Miến Điện đã cai trị Lan Na, bất chấp nỗ lực của Xiêm nhằm khẳng định quyền kiểm soát vào năm 1662–1664 nhưng cuối cùng đã thất bại.