1999 سے 2007 تک پرویز مشرف کے دور صدارت میں پہلی بار لبرل قوتوں نے پاکستان میں اہم اقتدار سنبھالا۔اقتصادی لبرلائزیشن، نجکاری اور میڈیا کی آزادی کے لیے اقدامات متعارف کروائے گئے، سٹی بینک کے ایگزیکٹو شوکت عزیز نے معیشت کا کنٹرول سنبھال لیا۔مشرف کی حکومت نے قدامت پسندوں اور بائیں بازو سے تعلق رکھنے والے لبرل جماعتوں کے سیاسی کارکنوں کو عام معافی دی۔مشرف نے نجی میڈیا کو نمایاں طور پر وسعت دی، جس کا مقصد ہندوستان کے ثقافتی اثر و رسوخ کا مقابلہ کرنا تھا۔سپریم کورٹ نے اکتوبر 2002 تک عام انتخابات کا حکم دیا، اور مشرف نے 2001 میں افغانستان پر امریکی حملے کی توثیق کی۔ کشمیر پر بھارت کے ساتھ کشیدگی نے 2002 میں فوجی تعطل کا باعث بنا۔مشرف کے 2002 کے ریفرنڈم کو متنازعہ قرار دیتے ہوئے ان کی صدارتی مدت میں توسیع کر دی گئی۔2002 کے عام انتخابات میں لبرل اور سنٹرسٹوں نے اکثریت حاصل کرتے ہوئے مشرف کی حمایت سے حکومت بنائی۔پاکستان کے آئین میں 17ویں ترمیم نے سابقہ ​​طور پر مشرف کے اقدامات کو جائز قرار دیا اور ان کی صدارت کی مدت میں توسیع کی۔شوکت عزیز 2004 میں وزیر اعظم بنے، انہوں نے معاشی ترقی پر توجہ دی لیکن سماجی اصلاحات کے لیے انہیں مخالفت کا سامنا کرنا پڑا۔مشرف اور عزیز القاعدہ سے منسلک کئی قتل کی کوششوں میں بچ گئے۔بین الاقوامی سطح پر جوہری پھیلاؤ کے الزامات نے ان کی ساکھ کو داغدار کیا۔گھریلو چیلنجوں میں قبائلی علاقوں میں تنازعات اور 2006 میں طالبان کے ساتھ جنگ ​​بندی شامل تھی، حالانکہ فرقہ وارانہ تشدد جاری تھا۔