مصر میں فرانسیسی مہم جو کہ بظاہر عثمانی پورٹے کی حمایت اورمملوکوں کو دبانے کے لیے تھی، اس کی قیادت نپولین بوناپارٹ کر رہے تھے۔اسکندریہ میں بوناپارٹ کے اعلان میں مساوات، قابلیت اور اسلام کے احترام پر زور دیا گیا، جو مملوکوں میں ان خصوصیات کی کمی کے برعکس تھا۔انہوں نے تمام مصریوں کو انتظامی عہدوں کے لیے کھلی رسائی کا وعدہ کیا اور فرانس کی اسلام پر عملداری کا مظاہرہ کرنے کے لیے پوپ کی اتھارٹی کو ختم کرنے کی تجویز دی۔^[102]تاہم مصریوں کو فرانسیسی ارادوں پر شک تھا۔ایمبابی کی جنگ (اہرام کی جنگ) میں فرانسیسی فتح کے بعد، جہاں مراد بے اور ابراہیم بے کی افواج کو شکست ہوئی، قاہرہ میں ایک میونسپل کونسل تشکیل دی گئی جس میں شیخ، مملوک اور فرانسیسی اراکین شامل تھے، جو بنیادی طور پر فرانسیسی فرمانوں کو نافذ کرنے کے لیے خدمات انجام دے رہے تھے۔^[102]نیل کی جنگ میں ان کے بیڑے کی شکست اور بالائی مصر میں ناکامی کے بعد فرانسیسی ناقابل تسخیر ہونے پر سوالیہ نشان لگ گیا۔ہاؤس ٹیکس کے نفاذ کے ساتھ کشیدگی میں اضافہ ہوا، جس کے نتیجے میں اکتوبر 1798 میں قاہرہ میں بغاوت شروع ہوگئی۔ فرانسیسی جنرل ڈوپی مارا گیا، لیکن بوناپارٹ اور جنرل کلیبر نے بغاوت کو جلد ہی دبا دیا۔فرانس میں الازہر مسجد کا استبل کے طور پر استعمال گہرے جرم کا باعث بنا۔^[102]1799 میں بوناپارٹ کی شامی مہم نے مصر میں فرانسیسی کنٹرول کو عارضی طور پر کمزور کر دیا۔واپسی پر، اس نے مراد بے اور ابراہیم بے کے مشترکہ حملے کو شکست دی، اور بعد میں ابوکر کے مقام پر ترک فوج کو کچل دیا۔اس کے بعد بوناپارٹ نے مصر چھوڑ دیا، کلیبر کو اپنا جانشین مقرر کیا۔^[102] کلیبر کو ایک نازک صورتحال کا سامنا کرنا پڑا۔برطانویوں کی طرف سے فرانسیسی انخلاء کے ابتدائی معاہدوں کو روکنے کے بعد، قاہرہ کو فسادات کا سامنا کرنا پڑا، جسے کلیبر نے دبا دیا۔اس نے مراد بے کے ساتھ بات چیت کی، اسے بالائی مصر کا کنٹرول دے دیا، لیکن جون 1800 میں کلیبر کو قتل کر دیا گیا ^{[۔ 102]}جنرل Jacques-Francois Menou نے Kléber کی جگہ لے لی، مسلمانوں کی حمایت حاصل کرنے کی کوشش کی لیکن فرانسیسی محافظ ریاست کا اعلان کر کے مصریوں کو الگ کر دیا۔1801 میں، انگریزی اور ترک فوجیں ابو قیر پر اتریں، جس کے نتیجے میں فرانس کو شکست ہوئی۔جنرل بیلیئرڈ نے مئی میں قاہرہ کو ہتھیار ڈال دیے، اور مینو نے اگست میں اسکندریہ میں ہتھیار ڈال دیے، جس سے فرانسیسی قبضے کا خاتمہ ہوا۔^[102] فرانسیسی قبضے کی دیرپا میراث "Description de l'Egypte" تھی، جو فرانسیسی اسکالرز کی طرف سے مصر کا ایک تفصیلی مطالعہ تھا، جس نے مصریات کے میدان میں نمایاں کردار ادا کیا۔^[102]