16 ویں صدی کے اوائل میں، 1517 میں عثمانی فتح کے بعد، سلطان سلیم اول نے یونس پاشا کو مصر کا گورنر مقرر کیا، لیکن بدعنوانی کے مسائل کی وجہ سے جلد ہی ان کی جگہ حائر بے نے لے لی۔ [97] اس دور میں عثمانی نمائندوں اورمملوکوں کے درمیان اقتدار کی کشمکش کا نشان لگایا گیا، جنہوں نے اہم اثر و رسوخ برقرار رکھا۔ مملوکوں کو انتظامی ڈھانچے میں شامل کیا گیا تھا، جو مصر کے 12 سنجقوں میں اہم عہدوں پر فائز تھے۔ سلطان سلیمان دی میگنیفیشنٹ کے تحت، پاشا کی مدد کے لیے بڑا دیوان اور چھوٹا دیوان قائم کیا گیا تھا، جس میں فوج اور مذہبی حکام کی نمائندگی تھی۔ سلیم نے مصر کی حفاظت کے لیے چھ رجمنٹیں قائم کیں، جن میں سلیمان نے ساتویں کا اضافہ کیا۔ [98]
عثمانی انتظامیہ نے اکثر مصری گورنر کو تبدیل کیا، اکثر سالانہ۔ ایک گورنر، حین احمد پاشا، نے آزادی قائم کرنے کی کوشش کی لیکن اسے ناکام بنا دیا گیا اور اسے پھانسی دے دی گئی۔ [98] 1527 میں، مصر میں ایک زمینی سروے کیا گیا، جس میں زمین کو چار اقسام میں تقسیم کیا گیا: سلطان کا ڈومین، فیف، فوجی دیکھ بھال کی زمین، اور مذہبی بنیاد کی زمین۔ یہ سروے 1605 میں نافذ کیا گیا تھا [98]
مصر میں 17 ویں صدی فوجی بغاوتوں اور تنازعات کی خصوصیت تھی، اکثر فوجیوں کی طرف سے بھتہ خوری کو روکنے کی کوششوں کی وجہ سے۔ 1609 میں، ایک اہم تنازعہ کارا محمد پاشا کے قاہرہ میں فاتحانہ داخلے کا باعث بنا، اس کے بعد مالی اصلاحات کی گئیں۔ [98] اس وقت کے دوران، مقامی مملوک نے مصری انتظامیہ میں غلبہ حاصل کیا، اکثر فوجی عہدوں پر فائز رہے اور عثمانی مقرر کردہ گورنروں کو چیلنج کیا۔ [99] مصری فوج، مضبوط مقامی تعلقات کے ساتھ، اکثر گورنروں کی تقرری کو متاثر کرتی تھی اور انتظامیہ پر کافی کنٹرول رکھتی تھی۔ [100]
اس صدی نے مصر میں دو بااثر دھڑوں کا عروج بھی دیکھا: فقری، جو عثمانی گھڑسوار فوج سے منسلک تھے، اور قاسمی، جو مصری فوج سے وابستہ تھے۔ ان دھڑوں نے، جو اپنے الگ الگ رنگوں اور علامتوں کی علامت ہیں، عثمانی مصر کی حکمرانی اور سیاست کو نمایاں طور پر متاثر کیا۔ [101]