کینیڈی انتظامیہ نے بے آف پگز کے حملے کے بعد کاسترو کو بے دخل کرنے کے طریقے ڈھونڈتے رہے، کیوبا کی حکومت کا تختہ الٹنے کے لیے خفیہ طور پر سہولت فراہم کرنے کے مختلف طریقوں سے تجربہ کیا۔1961 میں کینیڈی انتظامیہ کے تحت وضع کردہ دہشت گردانہ حملوں اور دیگر عدم استحکام کی کارروائیوں کے پروگرام سے اہم امیدیں وابستہ کی گئیں۔گھبرا کر، کینیڈی نے مختلف رد عمل پر غور کیا۔اس نے بالآخر کیوبا میں جوہری میزائلوں کی تنصیب کا جواب بحری ناکہ بندی کے ساتھ دیا، اور اس نے سوویت یونین کو الٹی میٹم پیش کیا۔خروشیف ایک تصادم سے پیچھے ہٹ گئے، اور سوویت یونین نے کیوبا پر دوبارہ حملہ نہ کرنے کے عوامی امریکی وعدے کے بدلے میں میزائلوں کو ہٹا دیا اور ساتھ ہی ترکی سے امریکی میزائلوں کو ہٹانے کے خفیہ معاہدے کے بدلے میں۔کاسترو نے بعد میں اعتراف کیا کہ "میں جوہری ہتھیاروں کے استعمال پر راضی ہو جاتا۔ ... ہم نے اسے یہ مان لیا کہ یہ بہرحال جوہری جنگ بن جائے گی، اور یہ کہ ہم غائب ہونے والے ہیں۔"کیوبا کے میزائل بحران (اکتوبر-نومبر 1962) نے دنیا کو پہلے سے کہیں زیادہ ایٹمی جنگ کے قریب پہنچا دیا۔بحران کے بعد جوہری ہتھیاروں کی دوڑ میں جوہری تخفیف اسلحہ اور تعلقات کو بہتر بنانے کی پہلی کوششیں شروع ہوئیں، حالانکہ سرد جنگ کا پہلا ہتھیاروں کے کنٹرول کا معاہدہ، انٹارکٹک معاہدہ، 1961 میں نافذ ہوا تھا۔1964 میں، خروشیف کے کریملن ساتھیوں نے انہیں بے دخل کرنے میں کامیاب ہو گئے، لیکن انہیں پرامن ریٹائرمنٹ کی اجازت دے دی۔بدتمیزی اور نااہلی کا الزام لگاتے ہوئے، جان لیوس گیڈیس کا استدلال ہے کہ خروشچیف کو سوویت زراعت کو تباہ کرنے، دنیا کو جوہری جنگ کے دہانے پر لانے کا سہرا بھی دیا گیا تھا اور جب خروشیف نے دیوار برلن کی تعمیر کی اجازت دی تھی تو وہ ایک 'بین الاقوامی شرمندگی' بن گیا تھا۔