Konfrontasi olarak da bilinen Endonezya-Malezya çatışması, 1963'ten 1966'ya kadar Endonezya'nın Malaya Federasyonu, Singapur ve İngiliz kolonileri Kuzey Borneo ve Sarawak'ı birleştiren Malezya'nın oluşumuna karşı çıkmasından kaynaklanan silahlı bir çatışmaydı.Çatışmanın kökleri Endonezya'nın Hollanda Yeni Gine'ye karşı önceki çatışmalarından ve Brunei isyanına verdiği destekten kaynaklanıyordu.Malezya İngiltere , Avustralya ve Yeni Zelanda'dan askeri yardım alırken Endonezya , SSCB ve Çin'den dolaylı destek aldı ve bu da bunu Asya'daki Soğuk Savaş'ın bir bölümü haline getirdi.Çatışmanın büyük kısmı Endonezya ile Doğu Malezya arasındaki Borneo sınırında yaşandı.Yoğun orman arazisi, her iki tarafın da genellikle küçük ölçekli operasyonları içeren çatışmalarla kapsamlı yaya devriyeleri yürütmesine yol açtı.Endonezya, Malezya'yı zayıflatmak için Sabah ve Sarawak'taki etnik ve dini çeşitlilikten yararlanmaya çalıştı.Her iki ülke de hafif piyadelere ve hava taşımacılığına büyük ölçüde güveniyordu; nehirler hareket ve sızma için çok önemliydi.İngilizler, Avustralya ve Yeni Zelanda güçlerinin periyodik yardımlarıyla birlikte savunmanın yükünü taşıyordu.Endonezya'nın sızma taktikleri zaman içinde gelişti ve yerel gönüllülere dayanmaktan daha yapılandırılmış Endonezya askeri birimlerine doğru kaydı.1964'e gelindiğinde İngilizler, Endonezya Kalimantan'ına Claret Operasyonu adı verilen gizli operasyonlar başlattı.Aynı yıl Endonezya, Batı Malezya'yı hedef alarak saldırılarını artırdı, ancak kayda değer bir başarı elde edemedi.Çatışmanın yoğunluğu, Sukarno'nun yerini General Suharto'nun aldığı Endonezya'nın 1965 darbesinden sonra azaldı.Barış görüşmeleri 1966'da başladı ve 11 Ağustos 1966'da Endonezya'nın Malezya'yı resmen tanıdığı bir barış anlaşmasıyla sonuçlandı.