การปฏิรูปศาสนาของนิกายโปรเตสแตนต์เริ่มขึ้นในปี 1517 แต่ผลของมันคงอยู่ยาวนานกว่านั้นมากอำนาจของคริสตจักรคาทอลิกในยุโรปเป็นปัญหาเป็นครั้งแรกในระยะเวลาอันยาวนาน และทวีปแบ่งออกเป็นคาทอลิกและโปรเตสแตนต์ในขณะที่บางประเทศนับถือนิกายโปรเตสแตนต์อย่างชัดเจน เช่น
อังกฤษ และ
เนเธอร์แลนด์ และบางประเทศยังคงนับถือนิกายคาทอลิกอย่างแข็งขันเช่น
สเปน แต่บางประเทศกลับถูกแบ่งแยกอย่างรุนแรงภายในการปฏิรูปของมาร์ติน ลูเธอร์ทำให้เจ้าชายชาวเยอรมันแตกแยกอย่างรุนแรงภายใน
จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งนำไปสู่ความขัดแย้งระหว่างจักรพรรดิราชวงศ์ฮับส์บูร์กที่เป็นคาทอลิกและเจ้าชาย (ส่วนใหญ่อยู่ทางตอนเหนือของจักรวรรดิ) ซึ่งรับเอานิกายลูเธอรันสิ่งนี้นำไปสู่ความขัดแย้งหลายครั้งที่จบลงด้วยสันติภาพแห่งเอาก์สบวร์ก (ค.ศ. 1555) ซึ่งกำหนดหลักการของ cuius regio, eius religio (ใครก็ตามที่ปกครอง, ศาสนาของเขา) ภายในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ตามเงื่อนไขของสันติภาพแห่งเอาก์สบวร์ก จักรพรรดิแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ทรงสละสิทธิ์ในการบังคับใช้ศาสนาเดียวทั่วทั้ง "จักรวรรดิ" และเจ้าชายแต่ละพระองค์สามารถเลือกได้ระหว่างการก่อตั้งนิกายโรมันคาทอลิกหรือนิกายลูเธอรันในดินแดนที่อยู่ภายใต้การควบคุมของพระองค์เอง