พม่า นำโดยพระเจ้าบุเรงนอง พิชิตเชียงใหม่ และเริ่มปกครองล้านนาเป็นเวลา 200 ปีความขัดแย้งเกิดขึ้นเหนือรัฐฉาน ด้วยความทะเยอทะยานของบุเรงนองที่นำไปสู่การรุกรานล้านนาจากทางเหนือพ.ศ. 2101 เมกุติ เจ้าเมืองล้านนา ยอมจำนนต่อพม่าเมื่อวันที่ 2 เมษายน พ.ศ. ^[2101]ในช่วงสงครามพม่า- สยาม (พ.ศ. 2106-2107) เมกุติไม่พอใจโดยได้รับกำลังใจจากเชษฐาธิราชอย่างไรก็ตาม เขาถูกกองทหารพม่าจับตัวไปในปี พ.ศ. 2107 และถูกนำตัวไปที่เมืองเปกู ซึ่งในขณะนั้นเป็นเมืองหลวงของพม่าบุเรงนองทรงแต่งตั้งวิสุทธิเทวี ราชวงศ์ล้านนาเป็นราชินีผู้ครองราชย์ของล้านนาภายหลังเมกุฏสิ้นพระชนม์ต่อมาในปี พ.ศ. 2122 เนารตะ มินซอ บุตรชายคนหนึ่งของบุเรง ^[น] อง ขึ้นเป็นอุปราชของล้านนาในขณะที่ล้านนามีอิสระในการปกครองตนเอง พม่าก็ควบคุมแรงงานและภาษีอย่างเข้มงวดภายหลังสมัยบุเรงนอง อาณาจักรของเขาก็ล่มสลายลงสยามก่อกบฏได้สำเร็จ (พ.ศ. 2127–2136) นำไปสู่การยุบข้าราชบริพารของเปกูภายในปี พ.ศ. 2139–2140ล้านนาภายใต้นวรธามินซอประกาศเอกราชในปี พ.ศ. 2139 และกลายเป็นเมืองขึ้นของสมเด็จพระนเรศวรแห่งสยามในช่วงสั้นๆ ในปี พ.ศ. 2145 อย่างไรก็ตาม อำนาจของสยามเสื่อมถอยลงหลังจากการสวรรคตของนเรศวรในปี พ.ศ. 2148 และในปี พ.ศ. 2157 สยามก็มีอำนาจควบคุมล้านนาเพียงเล็กน้อยล้านนาขอความช่วยเหลือจากล้านช้างมากกว่าสยามเมื่อพม่ากลับมาเป็นเวลากว่า ^{[หนึ่ง]} ศตวรรษหลังจากปี พ.ศ. 2157 กษัตริย์ข้าราชบริพารที่มีเชื้อสายพม่าปกครองล้านนา แม้ว่าสยามจะพยายามยืนยันการควบคุมในปี พ.ศ. 2205-2207 ซึ่งในที่สุดก็ล้มเหลว