ในปี 1988 ประชาธิปไตยได้รับการสถาปนาขึ้นใหม่ในปากีสถานพร้อมกับการเลือกตั้งทั่วไปภายหลังการเสียชีวิตของประธานาธิบดี Zia-ul-Haqการเลือกตั้งเหล่านี้ส่งผลให้พรรคประชาชนปากีสถาน (PPP) กลับคืนสู่อำนาจ โดยเบนาซีร์ บุตโต กลายเป็นนายกรัฐมนตรีหญิงคนแรกของปากีสถาน และเป็นหัวหน้ารัฐบาลหญิงคนแรกในประเทศที่ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลามช่วงเวลานี้ยาวนานจนถึงปี 1999 มีลักษณะพิเศษคือระบบสองพรรคที่แข่งขันกัน โดยมีพรรคอนุรักษ์นิยมกลางขวานำโดยนาวาซ ชารีฟ และนักสังคมนิยมกลางซ้ายภายใต้เบนาซีร์ บุตโตในระหว่างดำรงตำแหน่ง บุตโตนำปากีสถานผ่านช่วงสุดท้ายของ สงครามเย็น โดยรักษานโยบายที่สนับสนุนตะวันตกเนื่องจากความไม่ไว้วางใจลัทธิคอมมิวนิสต์ร่วมกันรัฐบาลของเธอได้เห็นการถอนทหาร โซเวียต ออกจาก อัฟกานิสถานอย่างไรก็ตาม การค้นพบโครงการระเบิดปรมาณูของปากีสถานนำไปสู่ความสัมพันธ์ที่ตึงเครียดกับ สหรัฐอเมริกา และมาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจรัฐบาลของบุตโตยังเผชิญกับความท้าทายในอัฟกานิสถาน ด้วยการแทรกแซงทางทหารที่ล้มเหลว ซึ่งนำไปสู่การไล่ผู้อำนวยการหน่วยข่าวกรองออกแม้จะมีความพยายามที่จะฟื้นฟูเศรษฐกิจ รวมถึงแผนห้าปีฉบับที่ 7 แต่ปากีสถานก็ประสบกับภาวะเศรษฐกิจซบเซา และในที่สุดรัฐบาลของบุตโตก็ถูกประธานาธิบดีอนุรักษ์นิยม Ghulam Ishaq Khan ไล่ออกในที่สุด