ในขณะที่การครองราชย์ที่เกิดขึ้นหลังจากการล่มสลายของจักรวรรดิพุกามกินเวลานานกว่า 250 ปี (ค.ศ. 1287–1555) แต่หลังจากการล่มสลายของตองอูที่หนึ่งนั้นมีอายุค่อนข้างสั้นNyaungyan Min บุตรชายคนหนึ่งของบุเรงนอง ได้เริ่มความพยายามในการรวมประเทศทันที โดยสามารถฟื้นฟูอำนาจส่วนกลางเหนือพม่าตอนบนและรัฐฉานที่อยู่ใกล้ๆ ได้สำเร็จภายในปี 1606 ผู้สืบทอดของเขา Anukpetlun เอาชนะ โปรตุเกส ที่เมืองตันลยินในปี 1613 เขายึดชายฝั่งตะนาวศรีตอนบนเป็นทวายและล้านนา จาก สยาม ในปี ค.ศ. 1614 เขายังยึดรัฐทรานส์สาละวินชาน (เชียงตุงและสิบสองปันนา) ในปี ค.ศ. 1622–2626 อีกด้วยทะลุนน้องชายของเขาสร้างประเทศที่เสียหายจากสงครามขึ้นมาใหม่พระองค์ทรงสั่งให้มีการสำรวจสำมะโนประชากรครั้งแรกในประวัติศาสตร์พม่าเมื่อปี พ.ศ. 2178 ซึ่งแสดงให้เห็นว่าราชอาณาจักรนี้มีประชากรประมาณสองล้านคนเมื่อถึงปี 1650 กษัตริย์ทั้งสามองค์ ได้แก่ Nyaungyan, Anukpetlun และ Thalun ได้สร้างอาณาจักรที่เล็กกว่าแต่สามารถจัดการได้สำเร็จขึ้นมาใหม่ได้สำเร็จที่สำคัญกว่านั้น ราชวงศ์ใหม่ได้ดำเนินการสร้างระบบกฎหมายและการเมืองซึ่งมีลักษณะพื้นฐานต่อไปภายใต้ราชวงศ์คองบองไปจนถึงคริสต์ศตวรรษที่ 19มงกุฎแทนที่ตำแหน่งประมุขตามสายเลือดโดยสมบูรณ์ด้วยการแต่งตั้งผู้ว่าราชการในหุบเขาอิระวดีทั้งหมด และลดสิทธิทางพันธุกรรมของประมุขรัฐฉานลงอย่างมากนอกจากนี้ยังควบคุมการเจริญเติบโตอย่างต่อเนื่องของความมั่งคั่งและความเป็นอิสระของสงฆ์ ทำให้มีฐานภาษีมากขึ้นการปฏิรูปการบริหารการค้าและฆราวาสทำให้เศรษฐกิจเจริญรุ่งเรืองมานานกว่า 80 ปี^{[ยกเว้น]} การกบฏเป็นครั้งคราวและสงครามภายนอก พม่าเอาชนะความพยายามของสยามที่จะยึดล้านนาและมตมะในปี พ.ศ. 2205–64 ราชอาณาจักรส่วนใหญ่สงบสุขไปตลอดช่วงที่เหลือของศตวรรษที่ 17อาณาจักรค่อยๆเสื่อมถอยลง และอำนาจของ "กษัตริย์ในวัง" เสื่อมโทรมลงอย่างรวดเร็วในช่วงทศวรรษปี ค.ศ. 1720ตั้งแต่ปี 1724 เป็นต้นมา ชาว Meitei เริ่มบุกโจมตีแม่น้ำ Chindwin ตอนบนในปี พ.ศ. 2270 ล้านนาตอนใต้ (เชียงใหม่) ก่อกบฏได้สำเร็จ เหลือเพียงล้านนาตอนเหนือ (เชียงแสน) ไว้ภายใต้การปกครองของพม่าที่เพิ่มมากขึ้นการโจมตีแบบเมเตทวีความรุนแรงมากขึ้นในช่วงทศวรรษที่ 1730 เข้าถึงส่วนลึกของพม่าตอนกลางมากขึ้นในปี พ.ศ. 2283 ชาวมอญในพม่าตอนล่างเริ่มก่อกบฏและก่อตั้งอาณาจักรหงสาวดีที่ได้รับการฟื้นฟู และในปี พ.ศ. 2288 ก็ควบคุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของพม่าตอนล่างได้ชาวสยามยังได้ย้ายอำนาจของตนขึ้นไปบนชายฝั่งตะนาวศรีภายในปี พ.ศ. 2295 หงสาวดีบุกพม่าตอนบนในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2294 และยึดเกาะเอวาได้ในวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2295 ซึ่งเป็นการสิ้นสุดราชวงศ์ตองอูซึ่งมีมา 266 ปี