รัฐสุลต่านเประก่อตั้งขึ้นเมื่อต้นศตวรรษที่ 16 บนฝั่งแม่น้ำเประโดยมูซัฟฟาร์ ชาห์ที่ 1 บุตรชายคนโตของมาห์มุด ชาห์ สุลต่านที่ 8 แห่งมะละกาหลังจากที่มะละกาถูกชาวโปรตุเกสยึดครองในปี ค.ศ. 1511 มูซัฟฟาร์ ชาห์ได้ขอลี้ภัยในสิอัก สุมาตรา ก่อนที่จะขึ้นครองบัลลังก์ในเประการสถาปนาสุลต่านเประของเขาได้รับการอำนวยความสะดวกจากผู้นำท้องถิ่น รวมทั้งตุนสบันภายใต้สุลต่านใหม่ การบริหารของเประมีความเป็นระเบียบมากขึ้น โดยอาศัยระบบศักดินาในมะละกาที่เป็นประชาธิปไตยเมื่อศตวรรษที่ 16 ก้าวหน้า เประก็กลายเป็นแหล่งแร่ดีบุกที่สำคัญ ซึ่งดึงดูดผู้ค้าทั้งในระดับภูมิภาคและระดับนานาชาติอย่างไรก็ตาม การผงาดขึ้นของสุลต่านดึงดูดความสนใจของ สุลต่านอาเจะห์ ผู้มีอำนาจ ซึ่งนำไปสู่ช่วงเวลาแห่งความตึงเครียดและการมีปฏิสัมพันธ์กันตลอดช่วงทศวรรษที่ 1570 อาเจะห์ได้คุกคามพื้นที่บางส่วนของคาบสมุทรมลายูอย่างต่อเนื่องในช่วงปลายทศวรรษที่ 1570 อิทธิพลของอาเจะห์ปรากฏชัดเมื่อสุลต่านมันซูร์ ชาห์ที่ 1 แห่งเมืองเปรักหายตัวไปอย่างลึกลับ ทำให้เกิดการคาดเดาเรื่องการลักพาตัวเขาโดยกองกำลังอาเจะห์สิ่งนี้ทำให้ครอบครัวของสุลต่านถูกจับไปเป็นเชลยที่เกาะสุมาตราด้วยเหตุนี้ เประจึงอยู่ภายใต้การปกครองของอาเจะห์ในช่วงสั้นๆ เมื่อเจ้าชายอาเจะห์ขึ้นครองบัลลังก์เประในฐานะสุลต่านอาหมัด ทาจุดดิน ชาห์แม้ว่าอาเจะห์จะได้รับอิทธิพล เประก็ยังคงเป็นอิสระ โดยต่อต้านการควบคุมจากทั้งชาวอะเจห์และชาวสยามอาเจะห์เริ่มลดน้อยลงเมื่อ บริษัท Dutch East India Company (VOC) เข้ามาในช่วงกลางศตวรรษที่ 17อาเจะห์และ VOC แข่งขันกันเพื่อควบคุมการค้าดีบุกที่ร่ำรวยของเมืองเประเมื่อถึงปี ค.ศ. 1653 พวกเขาบรรลุข้อตกลงประนีประนอม โดยลงนามในสนธิสัญญาที่ให้สิทธิพิเศษแก่ชาวดัตช์ในดีบุกของเประเมื่อถึงปลายศตวรรษที่ 17 เมื่อการปกครองสุลต่านยะโฮร์ล่มสลาย เประกลายเป็นทายาทคนสุดท้ายของเชื้อสายมะละกา แต่ต้องเผชิญกับความขัดแย้งภายใน รวมถึงสงครามกลางเมืองกินเวลานาน 40 ปีในศตวรรษที่ 18 เรื่องรายได้จากดีบุกเหตุการณ์ความไม่สงบนี้สิ้นสุดลงในสนธิสัญญากับชาวดัตช์ในปี ค.ศ. 1747 โดยยอมรับการผูกขาดการค้าดีบุกของพวกเขา