มะละกาดัตช์ (ค.ศ. 1641–1825) เป็นช่วงที่ยาวนานที่สุดที่มะละกาอยู่ภายใต้การควบคุมของต่างชาติชาวดัตช์ ปกครองมาเกือบ 183 ปีโดยอังกฤษยึดครองเป็นระยะๆ ในช่วง สงครามนโปเลียน (พ.ศ. 2338-2358)ยุคนี้มีความสงบสุขค่อนข้างมากโดยแทบไม่มีการหยุดชะงักอย่างรุนแรงจากสุลต่านมาเลย์ เนื่องจากความเข้าใจที่ถูกสร้างขึ้นระหว่างชาวดัตช์และสุลต่านแห่งยะโฮร์ในปี 1606 คราวนี้ยังแสดงให้เห็นถึงความสำคัญของมะละกาที่เสื่อมถอยลงด้วยชาวดัตช์นิยมให้ ปัตตาเวีย (จาการ์ตาในปัจจุบัน) เป็นศูนย์กลางทางเศรษฐกิจและการบริหารในภูมิภาคนี้ และการยึดครองมะละกาในมะละกาก็เพื่อป้องกันการสูญเสียเมืองนี้ให้กับมหาอำนาจอื่นๆ ของยุโรป และต่อมาคือการแข่งขันที่จะเกิดขึ้นตามมาด้วยด้วยเหตุนี้ ในศตวรรษที่ 17 เมื่อมะละกายุติการเป็นเมืองท่าที่สำคัญ สุลต่านยะโฮร์จึงกลายเป็นอำนาจท้องถิ่นที่โดดเด่นในภูมิภาคเนื่องจากการเปิดท่าเรือและการเป็นพันธมิตรกับดัตช์