เมื่อฮิสเทียอุสได้ยินเรื่องการล่มสลายของมิเลทัส ดูเหมือนว่าเขาจะแต่งตั้งตัวเองเป็นผู้นำในการต่อต้าน เปอร์เซียออกเดินทางจากไบแซนเทียมด้วยกองกำลังเลสเบี้ยนของเขา เขาล่องเรือไปยังคิออสพวกเชียนปฏิเสธที่จะรับเขา ดังนั้นเขาจึงโจมตีและทำลายกองเรือเชียนที่เหลืออยู่ด้วยความพ่ายแพ้ทั้งสองครั้งในทะเล ทำให้ Chians ยอมจำนนต่อความเป็นผู้นำของ Histiaeusตอนนี้ Histiaeus ได้รวบรวมกองกำลังขนาดใหญ่ของชาว Ionians และ Aeolians และไปปิดล้อม Thasosอย่างไรก็ตาม เขาได้รับข่าวว่ากองเรือเปอร์เซียกำลังออกเดินทางจากมิเลทัสเพื่อโจมตีส่วนที่เหลือของไอโอเนีย ดังนั้นเขาจึงรีบกลับไปที่เลสบอสเพื่อที่จะเลี้ยงกองทัพของเขา เขาได้นำคณะสำรวจหาอาหารไปยังแผ่นดินใหญ่ใกล้กับ Atarneus และ Myusกองกำลังเปอร์เซียขนาดใหญ่ภายใต้การนำของ Harpagus อยู่ในพื้นที่นั้นและในที่สุดก็สกัดกั้นคณะสำรวจหาอาหารแห่งหนึ่งใกล้กับเมือง Malene ได้การรบที่ตามมาเป็นการต่อสู้ที่ยากลำบาก แต่จบลงด้วยการบุกโจมตีของทหารม้าเปอร์เซียที่ประสบความสำเร็จ ซึ่งกำหนดเส้นทางแนวกรีกฮิสเทียอุสเองก็ยอมจำนนต่อพวกเปอร์เซียน โดยคิดว่าเขาจะสามารถพูดได้ว่าตนเองจะได้รับการอภัยโทษจากดาริอัสหรือไม่อย่างไรก็ตาม เขาถูกนำตัวไปที่ Artaphernes แทน ซึ่งตระหนักดีถึงการทรยศในอดีตของ Histiaeus จึงเสียบเขาแล้วส่งศีรษะที่ดองไว้ไปให้ Dariusกองเรือและกองทัพเปอร์เซียมุ่งหน้าสู่ฤดูหนาวที่เมืองมิเลทัส ก่อนที่จะออกเดินทางในปี 493 ก่อนคริสตศักราช เพื่อดับไฟสุดท้ายของการก่อจลาจลในที่สุดพวกเขาโจมตีและยึดเกาะคิออส เลสบอส และเทเนดอสในแต่ละทีม พวกเขาสร้างกองกำลัง 'เครือข่ายมนุษย์' และกวาดล้างทั่วทั้งเกาะเพื่อกวาดล้างกลุ่มกบฏที่ซ่อนตัวอยู่จากนั้นพวกเขาก็เคลื่อนตัวไปยังแผ่นดินใหญ่และยึดแต่ละเมืองที่เหลือของไอโอเนียได้ เช่นเดียวกับการค้นหากลุ่มกบฏที่เหลืออยู่แม้ว่าเมืองต่างๆ ของ Ionia จะได้รับผลกระทบอย่างไม่ต้องสงสัยในภายหลัง แต่ดูเหมือนว่าจะไม่มีใครได้รับความทุกข์ทรมานจากชะตากรรมของ Miletus มากนักเฮโรโดทัสกล่าวว่าชาวเปอร์เซียเลือกเด็กผู้ชายที่หล่อที่สุดจากแต่ละเมืองและตอนพวกเขา และเลือกผู้หญิงที่สวยที่สุดและส่งพวกเขาไปยังฮาเร็มของกษัตริย์ แล้วเผาวิหารของเมืองต่างๆแม้ว่าเรื่องนี้อาจเป็นเรื่องจริง แต่เฮโรโดตุสก็อาจพูดเกินจริงถึงระดับของการทำลายล้าง ในเวลาไม่กี่ปี เมืองต่างๆ ก็กลับสู่ภาวะปกติไม่มากก็น้อย และพวกเขาสามารถจัดเตรียมกองเรือขนาดใหญ่สำหรับการรุกรานกรีซของเปอร์เซียครั้งที่สอง เพียง 13 ครั้ง ปีต่อมาจากนั้นกองทัพเปอร์เซียก็ยึดครองที่ตั้งถิ่นฐานในโพรปอนติสฝั่งเอเชียได้อีกครั้ง ในขณะที่กองเรือเปอร์เซียแล่นขึ้นไปตามชายฝั่งเฮลเลสพอนต์ของยุโรป โดยยึดเอาที่ตั้งถิ่นฐานแต่ละแห่งตามลำดับเมื่อตอนนี้เอเชียไมเนอร์ทั้งหมดกลับคืนสู่การปกครองของเปอร์เซียอย่างมั่นคงแล้ว การจลาจลก็สิ้นสุดลงในที่สุด