ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2406 กองทัพโปโตแมคหลังยุทธการที่เฟรเดอริกส์เบิร์กและโคลนมาร์ชที่น่าอับอาย ได้รับความทุกข์ทรมานจากการละทิ้งที่เพิ่มขึ้นและขวัญกำลังใจที่ลดลงลินคอล์นพยายามเป็นครั้งที่ห้ากับนายพลคนใหม่เมื่อวันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2406 พ.ต.พล.อ. โจเซฟ ฮุกเกอร์ ชายผู้มีชื่อเสียงอันน่ารังเกียจซึ่งเคยทำหน้าที่ผู้บังคับบัญชารองก่อนหน้านี้ได้ดี^[56]Hooker เริ่มดำเนินการในการปรับโครงสร้างกองทัพที่มีความจำเป็นมาก โดยยกเลิกระบบการแบ่งแยกครั้งใหญ่ของ Burnside ซึ่งพิสูจน์แล้วว่ายุ่งยากเขายังไม่มีเจ้าหน้าที่อาวุโสเพียงพออีกต่อไปที่เขาสามารถไว้วางใจให้สั่งการปฏิบัติการหลายกองพลได้^[57] เขาจัดทหารม้าเป็นกองพลที่แยกจากกันภายใต้คำสั่งของบริกพล.อ.จอร์จ สโตนแมนแต่ในขณะที่เขารวมศูนย์ทหารม้าไว้ในองค์กรเดียว เขาก็แยกย้ายกองพันปืนใหญ่ไปอยู่ภายใต้การควบคุมของผู้บังคับบัญชากองทหารราบ ทำให้อิทธิพลในการประสานงานของผู้บัญชาการปืนใหญ่ของกองทัพบก พล.จ.พล.อ.เฮนรี่ เจ. ฮันท์.การเปลี่ยนแปลงของเขาได้แก่ การแก้ไขอาหารประจำวันของกองทหาร การเปลี่ยนแปลงสุขอนามัยของค่าย การปรับปรุงและความรับผิดชอบของระบบพลาธิการ การเพิ่มและติดตามพ่อครัวของบริษัท การปฏิรูปโรงพยาบาลหลายครั้ง ระบบการพักงานที่ได้รับการปรับปรุง คำสั่งให้หยุดยั้งการละทิ้งที่เพิ่มขึ้น การปรับปรุงการฝึกซ้อม และการฝึกอบรมเจ้าหน้าที่ให้แข็งแกร่งยิ่งขึ้นกองทัพทั้งสองเผชิญหน้ากันที่เฟรเดอริกส์เบิร์กในช่วงฤดูหนาวปี พ.ศ. 2405–2406การรณรงค์ที่ชานเซลเลอร์สวิลล์ เริ่มต้นขึ้นเมื่อฮุกเกอร์แอบเคลื่อนทัพส่วนใหญ่ของเขาขึ้นไปบนฝั่งซ้ายของแม่น้ำแรปปาฮันน็อค จากนั้นข้ามแม่น้ำในเช้าวันที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2406 กองทหารม้าของสหภาพภายใต้พล.ต. จอร์จ สโตนแมนเริ่มการโจมตีระยะไกลต่อ สายการผลิตของลีในเวลาเดียวกันข้ามแม่น้ำ Rapidan ผ่าน Germanna และ Ely's Fords ทหารราบของรัฐบาลกลางได้รวมตัวกันใกล้ Chancellorsville เมื่อวันที่ 30 เมษายน เมื่อรวมกับกองกำลังของสหภาพที่เผชิญหน้ากับ Fredericksburg Hooker ได้วางแผนการห่อหุ้มสองครั้งโดยโจมตี Lee จากทั้งด้านหน้าและด้านหลังของเขาเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม Hooker ก้าวจาก Chancellorsville ไปยัง Lee แต่นายพลสัมพันธมิตรแยกกองทัพของเขาต่อหน้าจำนวนที่เหนือกว่า ทิ้งกองกำลังขนาดเล็กไว้ที่ Fredericksburg เพื่อยับยั้ง พล.ต. John Sedgwick จากการรุกคืบ ในขณะที่เขาโจมตีการรุกคืบของ Hooker ด้วยเวลาประมาณสี่ครั้ง -ห้าของกองทัพของเขาแม้ว่าผู้ใต้บังคับบัญชาจะคัดค้าน แต่ Hooker ก็ถอนคนของเขาไปยังแนวป้องกันรอบ ๆ ชานเซลเลอร์สวิลล์ โดยยกความคิดริเริ่มให้กับลีเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม ลีได้แบ่งกองทัพของเขาอีกครั้ง โดยส่งกองกำลังทั้งหมดของสโตนวอลล์ แจ็กสันไปเดินทัพขนาบข้างซึ่งกำหนดทิศทางของ Union XI Corpsการต่อสู้ที่ดุเดือดที่สุด—และเป็นวันที่นองเลือดที่สุดเป็นอันดับสองของสงครามกลางเมือง—เกิดขึ้นในวันที่ 3 พฤษภาคม ขณะที่ลีเปิดฉากการโจมตีหลายครั้งต่อตำแหน่งสหภาพที่ชานเซลเลอร์สวิลล์ ส่งผลให้เกิดความสูญเสียอย่างหนักทั้งสองฝ่ายและกองทัพหลักของฮุกเกอร์ถูกถอนกลับในวันเดียวกันนั้นเอง เซดก์วิคก้าวข้ามแม่น้ำแรปปาฮันน็อค เอาชนะกองกำลังสัมพันธมิตรขนาดเล็กที่แมรีส์ไฮท์สในการรบครั้งที่สองที่เฟรเดอริกส์เบิร์ก จากนั้นจึงย้ายไปทางทิศตะวันตกฝ่ายสัมพันธมิตรต่อสู้กับปฏิบัติการล่าช้าที่สมรภูมิแห่งโบสถ์เซเลมได้สำเร็จในวันที่ 4 ลีหันหลังให้ฮุกเกอร์และโจมตีเซดจ์วิค และขับรถกลับไปที่แบ๊งส์ฟอร์ด โดยล้อมรอบพวกเขาทั้งสามด้านเซดจ์วิคถอนตัวข้ามฟอร์ดในช่วงเช้าของวันที่ 5 พฤษภาคม ลีหันกลับไปเผชิญหน้ากับฮุกเกอร์ที่ถอนกองทัพที่เหลือข้ามฟอร์ดสหรัฐในคืนวันที่ 5–6 พฤษภาคมชานเซลเลอร์สวิลล์เป็นที่รู้จักในนาม "การต่อสู้ที่สมบูรณ์แบบ" ของลี ^[58] เพราะการตัดสินใจเสี่ยงที่จะแบ่งกองทัพต่อหน้ากองกำลังศัตรูที่ใหญ่กว่ามากส่งผลให้พันธมิตรได้รับชัยชนะอย่างมีนัยสำคัญชัยชนะซึ่งเป็นผลมาจากความกล้าของลีและการตัดสินใจที่ขี้อายของฮุกเกอร์ ได้รับการบรรเทาลงด้วยการบาดเจ็บล้มตายอย่างหนัก รวมถึง พล.ท. โธมัส เจ. "สโตนวอลล์" แจ็กสันแจ็กสันถูกยิงใส่โดยฝ่ายเดียวกัน ทำให้ต้องตัดแขนซ้ายออกเขาเสียชีวิตด้วยโรคปอดบวมแปดวันต่อมา การสูญเสียที่ลีเปรียบเสมือนการสูญเสียแขนขวาของเขา