Midis 1258 dhe 1291, rajoni u përball me trazira si kufiri midis pushtuesve mongolë , herë pas here aleatë me kryqtarët , dhemamlukëve tëEgjiptit .Ky konflikt çoi në ulje të konsiderueshme të popullsisë dhe vështirësi ekonomike.Mamlukët ishin kryesisht me origjinë turke dhe u blenë si fëmijë dhe më pas u trajnuan për luftë.Ata ishin luftëtarë të çmuar shumë, të cilët u dhanë sundimtarëve pavarësinë e aristokracisë vendase.Në Egjipt ata morën kontrollin e mbretërisë pas një pushtimi të dështuar nga kryqtarët (Kryqëzata e Shtatë).Mamlukët morën kontrollin në Egjipt dhe e zgjeruan sundimin e tyre në Palestinë.Sulltani i parë Mamluk, Kutuz, mundi mongolët në Betejën e Ain Jalut, por u vra nga Baibars, i cili e pasoi atë dhe eliminoi shumicën e postave të kryqtarëve.Mamlukët sunduan Palestinën deri në vitin 1516, duke e konsideruar atë si pjesë të Sirisë.Në Hebron, hebrenjtë u përballën me kufizime në Shpellën e Patriarkëve, një vend i rëndësishëm në judaizëm, një kufizim që vazhdoi deri në Luftën Gjashtë Ditore.^[146]Al-Ashraf Khalil, një sulltan mamluk, pushtoi bastionin e fundit të kryqtarëve në vitin 1291. Mamlukët, duke vazhduar politikat e ejubidëve, shkatërruan në mënyrë strategjike rajonet bregdetare nga Tiri në Gaza për të parandaluar sulmet e mundshme në det të kryqëzatave.Ky shkatërrim çoi në shpopullim afatgjatë dhe rënie ekonomike në këto zona.^[147]Komuniteti hebre në Palestinë pa përtëritje me fluksin e hebrenjve sefardikë pas dëbimit të tyre ngaSpanja në 1492 dhe persekutimit në Portugali në 1497. Nën sundimin mamluk dhe më vonë osman , këta hebrenj sefardikë u vendosën kryesisht në zona urbane si Safed dhe Jerusalemi, në kontrast me kryesisht komuniteti hebre Musta'arbi rural.^[148]