În 1958, sistemul parlamentar din Pakistan sa încheiat cu impunerea legii marțiale.Deziluzia publică față de corupția din birocrația civilă și din administrație a dus la sprijinirea acțiunilor generalului Ayub Khan.^[16] Guvernul militar a întreprins reforme funciare semnificative și a aplicat Ordinul de descalificare a organismelor elective, excluzându-l pe HS Suhrawardy din funcția publică.Khan a introdus „Democrația de bază”, un nou sistem prezidențial în care un colegiu electoral de 80.000 a ales președintele și a promulgat constituția din 1962.^[17] În 1960, Ayub Khan a câștigat sprijinul popular în cadrul unui referendum național, trecând de la un guvern militar la unul civil constituțional.^[16]Evoluții semnificative din timpul președinției lui Ayub Khan au inclus relocarea infrastructurii capitalei de la Karachi la Islamabad.Această epocă, cunoscută sub numele de „Marele Deceniu”, este celebrată pentru dezvoltarea sa economică și schimbările culturale, ^[18] inclusiv ascensiunea industriilor muzicii pop, filmului și dramaturgiei.Ayub Khan a aliniat Pakistanul cu Statele Unite și lumea occidentală, alăturându-se Organizației Tratatului Central (CENTO) și Organizației Tratatului Asiei de Sud-Est (SEATO).Sectorul privat a crescut, iar țara a făcut pași în educație, dezvoltare umană și știință, inclusiv lansarea unui program spațial și continuarea programului de energie nucleară.^[18]Cu toate acestea, incidentul avionului spion U2 din 1960 a dezvăluit operațiuni secrete americane din Pakistan, compromițând securitatea națională.În același an, Pakistanul a semnat Tratatul privind apele Indusului cu India pentru a normaliza relațiile.^[19] Relațiile cu China s-au întărit, în special după războiul chino-indian, ducând la un acord de graniță în 1963 care a schimbat dinamica Războiului Rece .În 1964, Forțele Armate pakistaneze au suprimat o presupusă revoltă pro-comunistă în Pakistanul de Vest, iar în 1965, Ayub Khan a câștigat cu strictețe alegerile prezidențiale controversate împotriva Fatimai Jinnah.