Grecii din perioada clasică credeau că, în epoca întunecată care a urmat prăbușirii civilizației miceniene, un număr semnificativ de greci au fugit și au emigrat în Asia Mică și s-au stabilit acolo.Acești coloniști erau din trei grupuri tribale: eolienii, dorienii și ionii.Ionii se stabiliseră pe coastele Lidiei și Cariei, întemeind cele douăsprezece orașe care alcătuiau Ionia.Orașele Ioniei au rămas independente până când au fost cucerite de lidienii din vestul Asiei Mici.Prințul persan Cyrus a condus o rebeliune împotriva ultimului rege al Mediului Astyages în 553 î.Hr.În timp ce se lupta cu lidienii, Cirus le trimisese mesaje ionienilor, cerându-le să se revolte împotriva stăpânirii lidienilor, ceea ce ionienii refuzaseră să o facă.După ce Cirus a terminat cucerirea Lidiei, orașele ionice s-au oferit acum să fie supușii lui în aceleași condiții în care fuseseră supușii lui Cresus.Cyrus a refuzat, invocând refuzul ionienilor de a-l ajuta anterior.Ionii s-au pregătit astfel să se apere, iar Cyrus l-a trimis pe generalul median Harpagus să-i cucerească.În anii care au urmat cuceririi lor, perșii i-au găsit pe ionieni greu de condus.Perșii s-au mulțumit astfel să sponsorizeze câte un tiran în fiecare oraș ionic, chiar dacă acest lucru i-a atras în conflictele interne ale ionienilor.În ajunul războaielor greco-persane, este probabil ca populația ionică să fi devenit nemulțumită și să fie gata de revoltă.