Când Histiaeus a auzit de căderea lui Milet, se pare că s-a numit lider al rezistenței împotriva Persiei .Pornind din Bizanț cu forța sa de lesbiene, a navigat spre Chios.Chianii au refuzat să-l primească, așa că a atacat și a distrus rămășițele flotei chianești.Infirmi de cele două înfrângeri pe mare, chienii au acceptat apoi conducerea lui Histiaeus.Histiaeus a adunat acum o mare forță de ionieni și eolieni și a mers să asedieze Thasos.Cu toate acestea, a primit apoi vestea că flota persană pleacă din Milet pentru a ataca restul Ioniei, așa că s-a întors repede la Lesbos.Pentru a-și hrăni armata, a condus expediții de căutare a hranei pe continent, lângă Atarneus și Myus.O mare forță persană sub conducerea lui Harpagus se afla în zonă și în cele din urmă a interceptat o expediție de căutare a hranei lângă Malene.Bătălia care a urmat a fost dur, dar s-a încheiat cu o încărcătură de cavalerie persană de succes, care a învins linia grecească.Histiaeus însuși s-a predat perșilor, crezând că va fi capabil să se convingă într-o iertare de la Darius.Cu toate acestea, a fost dus la Artaphernes, care, pe deplin conștient de trădarea trecută a lui Histiaeus, l-a tras în țeapă și apoi i-a trimis capul îmbălsămat lui Darius.Flota și armata persană au iernat la Milet, înainte de a porni în 493 î.Hr. pentru a înlătura în cele din urmă ultimul jar al revoltei.Au atacat și au capturat insulele Chios, Lesbos și Tenedos.Pe fiecare, au făcut o „plasă umană” de trupe și au măturat întreaga insulă pentru a elimina orice rebeli care se ascundeau.Apoi s-au mutat pe continent și au capturat fiecare dintre orașele rămase din Ionia, căutând în mod similar orice rebeli rămași.Deși orașele din Ionia au fost, fără îndoială, zdruncinate în urmă, niciunul nu pare să fi suferit soarta lui Milet.Herodot spune că perșii au ales cei mai frumoși băieți din fiecare oraș și i-au castrat, și au ales cele mai frumoase fete și le-au trimis în haremul regelui și apoi au ars templele orașelor.Deși acest lucru este posibil adevărat, Herodot exagerează probabil și amploarea devastării. În câțiva ani, orașele au revenit mai mult sau mai puțin la normal și au reușit să echipeze o flotă mare pentru a doua invazie persană a Greciei, la doar 13 ani. ani mai tarziu.Armata persană a recucerit apoi așezările de pe partea asiatică a Propontisului, în timp ce flota persană a navigat pe coasta europeană a Hellespontului, luând pe rând fiecare așezare.Întrucât toată Asia Mică a revenit cu fermitate sub stăpânirea persană, revolta sa încheiat în sfârșit.