Administrația Kennedy a continuat să caute modalități de a-l înlătura pe Castro în urma invaziei Golfului Porcilor, experimentând diverse modalități de a facilita în mod ascuns răsturnarea guvernului cubanez.S-au pus speranțe semnificative în programul de atacuri teroriste și alte operațiuni de destabilizare cunoscute sub numele de Operațiunea Mangustă, concepute sub administrația Kennedy în 1961. Hrușciov a aflat despre proiect în februarie 1962, iar ca răspuns au fost întreprinse pregătirile pentru instalarea de rachete nucleare sovietice în Cuba.Alarmat, Kennedy a luat în considerare diverse reacții.În cele din urmă, el a răspuns la instalarea de rachete nucleare în Cuba cu o blocadă navală și a prezentat un ultimatum Uniunii Sovietice .Hrușciov a dat înapoi de la o confruntare, iar Uniunea Sovietică a scos rachetele în schimbul unui angajament public american de a nu invada Cuba din nou, precum și al unui acord ascuns pentru a elimina rachetele americane din Turcia.Castro a recunoscut mai târziu că „aș fi fost de acord cu utilizarea armelor nucleare... am luat de la sine înțeles că oricum va deveni un război nuclear și că vom dispărea”.Criza rachetelor din Cuba (octombrie-noiembrie 1962) a adus lumea mai aproape de războiul nuclear decât oricând.Următoarele crizei au condus la primele eforturi în cursa înarmărilor nucleare de dezarmare nucleară și de îmbunătățire a relațiilor, deși primul acord de control al armelor din Războiul Rece, Tratatul Antarctic, intrase în vigoare în 1961.În 1964, colegii lui Hrușciov de la Kremlin au reușit să-l alunge, dar i-au permis o pensionare liniștită.Acuzat de grosolănie și incompetență, John Lewis Gaddis susține că Hrușciov a fost creditat și cu ruinarea agriculturii sovietice, aducând lumea în pragul războiului nuclear și că Hrușciov devenise o „stânjeneală internațională” atunci când a autorizat construirea Zidului Berlinului.