W 1958 r. system parlamentarny Pakistanu zakończył się wraz z wprowadzeniem stanu wojennego.Rozczarowanie społeczne korupcją w biurokracji cywilnej i administracji doprowadziło do poparcia działań generała Ayuba Khana.^[16] Rząd wojskowy podjął znaczące reformy gruntowe i wprowadził w życie nakaz dyskwalifikacji organów wybieralnych, zakazujący HS Suhrawardy'emu sprawowania funkcji publicznych.Khan wprowadził „podstawową demokrację” – nowy system prezydencki, w którym prezydenta wybierało 80-tysięczne kolegium elektorów i ogłaszał konstytucję z 1962 r.^[17] W 1960 r. Ayub Khan zdobył powszechne poparcie w ogólnokrajowym referendum, przechodząc od rządu wojskowego do konstytucyjnego rządu cywilnego.^[16]Do znaczących wydarzeń za prezydentury Ayuba Khana należało przeniesienie infrastruktury stolicy z Karaczi do Islamabadu.Epoka ta, znana jako „Wielka Dekada”, obchodzona jest ze względu na rozwój gospodarczy i zmiany kulturowe ^[18] , w tym rozwój przemysłu muzyki pop, filmu i dramatu.Ayub Khan sprzymierzył Pakistan ze Stanami Zjednoczonymi i światem zachodnim, przyłączając się do Organizacji Traktatu Centralnego (CENTO) i Organizacji Traktatu Azji Południowo-Wschodniej (SEATO).Sektor prywatny rozrósł się, a kraj poczynił postępy w edukacji, rozwoju ludzkim i nauce, włączając w to uruchomienie programu kosmicznego i kontynuację programu energetyki jądrowej.^[18]Jednak incydent z samolotem szpiegowskim U2 w 1960 r. ujawnił tajne operacje USA z Pakistanu, zagrażające bezpieczeństwu narodowemu.W tym samym roku Pakistan podpisał z Indiami Traktat o wodach Indusu w celu normalizacji stosunków.^[19] Stosunki z Chinami wzmocniły się, szczególnie po wojnie chińsko-indyjskiej, co doprowadziło do porozumienia granicznego w 1963 r., które zmieniło dynamikę zimnej wojny .W 1964 r. Pakistańskie Siły Zbrojne stłumiły podejrzenie prokomunistycznej rewolty w Zachodnim Pakistanie, a w 1965 r. Ayub Khan o włos zwyciężył w kontrowersyjnych wyborach prezydenckich przeciwko Fatimie Jinnah.