Malakka holenderska (1641–1825) to najdłuższy okres, w którym Malakka znajdowała się pod zagraniczną kontrolą.Holendrzy rządzili przez prawie 183 lata, z przerwami pod okupacją brytyjską podczas wojen napoleońskich (1795–1815).W tej epoce panował względny pokój z niewielkimi poważnymi przerwami ze strony sułtanatów malajskich dzięki porozumieniu zawartemu między Holendrami a sułtanatem Johor w 1606 roku. Tym razem oznaczał również spadek znaczenia Malakki.Holendrzy woleli Batavię (dzisiejszą Dżakartę) jako swoje centrum gospodarcze i administracyjne w regionie, a ich pozycja w Malakce miała zapobiec utracie miasta na rzecz innych mocarstw europejskich, a co za tym idzie, związanej z tym konkurencji.Tym samym w XVII wieku, gdy Malakka przestała być ważnym portem, sułtanat Johor stał się dominującą lokalną potęgą w regionie dzięki otwarciu swoich portów i sojuszowi z Holendrami.