Grecy utrzymywali się na Peloponezie do 1460 r., a Wenecjanie i Genueńczycy trzymali się niektórych wysp, ale na początku XVI wieku cała Grecja kontynentalna i większość wysp Morza Egejskiego zostały skolonizowane przez Imperium Osmańskie , z wyjątkiem kilku miast portowych w posiadaniu Wenecjan (Nafplio, Monemvasia, Parga i Methone najważniejsze z nich).Cyklady, położone na środku Morza Egejskiego, zostały oficjalnie zaanektowane przez Turków w 1579 r., chociaż od lat trzydziestych XVI wieku znajdowały się pod statusem wasala.Cypr upadł w 1571 r., a Wenecjanie zachowali Kretę do 1669 r. Wyspy Jońskie nigdy nie były rządzone przez Turków, z wyjątkiem Kefalonii (od 1479 do 1481 i od 1485 do 1500) i pozostawały pod panowaniem Republiki Weneckiej .To właśnie na Wyspach Jońskich narodziła się nowoczesna państwowość grecka wraz z utworzeniem Republiki Siedmiu Wysp w 1800 roku.Grecja osmańska była społeczeństwem wieloetnicznym.Jednak współczesne zachodnie pojęcie wielokulturowości, choć na pierwszy rzut oka wydaje się odpowiadać systemowi prosa, uważane jest za niezgodne z systemem osmańskim.Grecy z jednej strony otrzymali pewne przywileje i swobodę;z drugiej strony byli narażeni na tyranię wynikającą z nadużyć personelu administracyjnego, nad którymi rząd centralny miał jedynie odległą i niepełną kontrolę.Kiedy przybyli Turcy, miały miejsce dwie greckie migracje.Pierwsza migracja polegała na migracji greckiej inteligencji do Europy Zachodniej i wywarciu wpływu na nadejście renesansu.Druga migracja polegała na opuszczeniu przez Greków równin półwyspu greckiego i przesiedleniu w góry.System prosa przyczynił się do spójności etnicznej ortodoksyjnych Greków, segregując różne ludy w Imperium Osmańskim ze względu na religię.Grecy żyjący na równinach podczas panowania osmańskiego byli albo chrześcijanami, którzy radzili sobie z ciężarami obcych rządów, albo kryptochrześcijanami (greckimi muzułmanami, którzy potajemnie praktykowali grecką wiarę prawosławną).Część Greków została kryptochrześcijanami, aby uniknąć wysokich podatków i jednocześnie wyrazić swoją tożsamość, utrzymując więzi z Greckim Kościołem Prawosławnym.Jednak Grecy, którzy przeszli na islam i nie byli kryptochrześcijanami, byli w oczach ortodoksyjnych Greków uznawani za „Turków” (muzułmanów), nawet jeśli nie przyjęli języka tureckiego.Turcy rządzili większością Grecji aż do początków XIX wieku.Pierwsze samorządne, od średniowiecza, państwo greckie powstało podczas wojen o niepodległość Francji, w roku 1800, 21 lat przed wybuchem rewolucji greckiej w Grecji kontynentalnej.Była to Republika Siedmiu Wysp ze stolicą w Korfu.