Krigsutbruddet i Stillehavet i desember 1941 fant britene i Malaya fullstendig uforberedte.I løpet av 1930-årene, i påvente av den økende trusselen fra japansk marinemakt, hadde de bygget en flott marinebase i Singapore , men forutså aldri en invasjon av Malaya fra nord.Det var praktisk talt ingen britisk luftkapasitet i Fjernøsten.Japanerne var dermed i stand til å angripe fra sine baser i fransk Indo-Kina ustraffet, og til tross for motstand fra britiske, australske ogindiske styrker, overskred de Malaya på to måneder.Singapore, uten landforsvar, uten luftdekke og ingen vannforsyning, ble tvunget til å overgi seg i februar 1942. Britiske Nord-Borneo og Brunei ble også okkupert.Den japanske koloniregjeringen så på malayene fra et pan-asiatisk synspunkt, og fremmet en begrenset form for malaysisk nasjonalisme.Den malaysiske nasjonalisten Kesatuan Melayu Muda, talsmenn for Melayu Raya, samarbeidet med japanerne, basert på forståelsen av at Japan ville forene Nederlandsk Øst-India, Malaya og Borneo og gi dem uavhengighet.^[80] Okkupantene betraktet imidlertidkineserne som fiendtlige romvesener, og behandlet dem med stor hardhet: under den såkalte sook ching (rensing gjennom lidelse) ble opptil 80 000 kinesere i Malaya og Singapore drept.Kineserne, ledet av det malaysiske kommunistpartiet (MCP), ble ryggraden i den malaysiske folkenes anti-japanske hær (MPAJA).Med britisk bistand ble MPAJA den mest effektive motstandsstyrken i de okkuperte asiatiske landene.Selv om japanerne hevdet at de støttet malaysisk nasjonalisme, fornærmet de malaysisk nasjonalisme ved å la deres allierte Thailand annektere de fire nordlige statene, Kedah, Perlis, Kelantan og Terengganu som var blitt overført til British Malaya i 1909. Tapet av Malayas eksportmarkeder produserte snart massearbeidsledighet som påvirket alle raser og gjorde japanerne stadig mer upopulære.^[81]